Bio.Phylo 包

子包

• Bio.Phylo.Applications 包
  • 模块内容
    • Phyml 命令行
      • PhymlCommandline.__init__()
      • PhymlCommandline.alpha
      • PhymlCommandline.bootstrap
      • PhymlCommandline.datatype
      • PhymlCommandline.frequencies
      • PhymlCommandline.input
      • PhymlCommandline.input_tree
      • PhymlCommandline.model
      • PhymlCommandline.multiple
      • PhymlCommandline.n_rand_starts
      • PhymlCommandline.nclasses
      • PhymlCommandline.optimize
      • PhymlCommandline.pars
      • PhymlCommandline.print_site_lnl
      • PhymlCommandline.print_trace
      • PhymlCommandline.prop_invar
      • PhymlCommandline.quiet
      • PhymlCommandline.r_seed
      • PhymlCommandline.rand_start
      • PhymlCommandline.run_id
      • PhymlCommandline.search
      • PhymlCommandline.sequential
      • PhymlCommandline.ts_tv_ratio
    • Raxml 命令行
      • RaxmlCommandline.__init__()
      • RaxmlCommandline.parsimony_seed
      • RaxmlCommandline.algorithm
      • RaxmlCommandline.binary_constraint
      • RaxmlCommandline.bipartition_filename
      • RaxmlCommandline.bootstrap_branch_lengths
      • RaxmlCommandline.bootstrap_seed
      • RaxmlCommandline.checkpoints
      • RaxmlCommandline.cluster_threshold
      • RaxmlCommandline.cluster_threshold_fast
      • RaxmlCommandline.epsilon
      • RaxmlCommandline.exclude_filename
      • RaxmlCommandline.grouping_constraint
      • RaxmlCommandline.model
      • RaxmlCommandline.name
      • RaxmlCommandline.num_bootstrap_searches
      • RaxmlCommandline.num_categories
      • RaxmlCommandline.num_replicates
      • RaxmlCommandline.outgroup
      • RaxmlCommandline.parsimony
      • RaxmlCommandline.partition_branch_lengths
      • RaxmlCommandline.partition_filename
      • RaxmlCommandline.protein_model
      • RaxmlCommandline.random_starting_tree
      • RaxmlCommandline.rapid_bootstrap_seed
      • RaxmlCommandline.rearrangements
      • RaxmlCommandline.sequences
      • RaxmlCommandline.starting_tree
      • RaxmlCommandline.threads
      • RaxmlCommandline.version
      • RaxmlCommandline.weight_filename
      • RaxmlCommandline.working_dir
    • FastTree 命令行
      • FastTreeCommandline.__init__()
      • FastTreeCommandline.bionj
      • FastTreeCommandline.boot
      • FastTreeCommandline.cat
      • FastTreeCommandline.close
      • FastTreeCommandline.constraintWeight
      • FastTreeCommandline.constraints
      • FastTreeCommandline.expert
      • FastTreeCommandline.fastest
      • FastTreeCommandline.gamma
      • FastTreeCommandline.gtr
      • FastTreeCommandline.gtrfreq
      • FastTreeCommandline.gtrrates
      • FastTreeCommandline.help
      • FastTreeCommandline.input
      • FastTreeCommandline.intree
      • FastTreeCommandline.intree1
      • FastTreeCommandline.log
      • FastTreeCommandline.makematrix
      • FastTreeCommandline.matrix
      • FastTreeCommandline.mlacc
      • FastTreeCommandline.mllen
      • FastTreeCommandline.mlnni
      • FastTreeCommandline.n
      • FastTreeCommandline.nj
      • FastTreeCommandline.nni
      • FastTreeCommandline.no2nd
      • FastTreeCommandline.nocat
      • FastTreeCommandline.nomatrix
      • FastTreeCommandline.nome
      • FastTreeCommandline.noml
      • FastTreeCommandline.nopr
      • FastTreeCommandline.nosupport
      • FastTreeCommandline.notop
      • FastTreeCommandline.nt
      • FastTreeCommandline.out
      • FastTreeCommandline.pseudo
      • FastTreeCommandline.quiet
      • FastTreeCommandline.quote
      • FastTreeCommandline.rawdist
      • FastTreeCommandline.refresh
      • FastTreeCommandline.second
      • FastTreeCommandline.seed
      • FastTreeCommandline.slow
      • FastTreeCommandline.slownni
      • FastTreeCommandline.spr
      • FastTreeCommandline.sprlength
      • FastTreeCommandline.top
      • FastTreeCommandline.topm
      • FastTreeCommandline.wag
• Bio.Phylo.PAML 包
  • 子模块
    • Bio.Phylo.PAML.baseml 模块
      • BasemlError
      • Baseml
      • read()
    • Bio.Phylo.PAML.chi2 模块
      • cdf_chi2()
    • Bio.Phylo.PAML.codeml 模块
      • CodemlError
      • Codeml
      • read()
    • Bio.Phylo.PAML.yn00 模块
      • Yn00Error
      • Yn00
      • read()
  • 模块内容

子模块

• Bio.Phylo.BaseTree 模块
  • TreeElement
    • TreeElement.__repr__()
    • TreeElement.__str__()
  • TreeMixin
    • TreeMixin.find_any()
    • TreeMixin.find_elements()
    • TreeMixin.find_clades()
    • TreeMixin.get_path()
    • TreeMixin.get_nonterminals()
    • TreeMixin.get_terminals()
    • TreeMixin.trace()
    • TreeMixin.common_ancestor()
    • TreeMixin.count_terminals()
    • TreeMixin.depths()
    • TreeMixin.distance()
    • TreeMixin.is_bifurcating()
    • TreeMixin.is_monophyletic()
    • TreeMixin.is_parent_of()
    • TreeMixin.is_preterminal()
    • TreeMixin.total_branch_length()
    • TreeMixin.collapse()
    • TreeMixin.collapse_all()
    • TreeMixin.ladderize()
    • TreeMixin.prune()
    • TreeMixin.split()
  • Tree （树）
    • Tree.__init__()
    • Tree.from_clade()
    • Tree.randomized()
    • Tree.clade
    • Tree.as_phyloxml()
    • Tree.root_with_outgroup()
    • Tree.root_at_midpoint()
    • Tree.is_terminal()
    • Tree.__format__()
    • Tree.format()
    • Tree.__str__()
  • Clade （进化枝）
    • Clade.__init__()
    • Clade.root
    • Clade.is_terminal()
    • Clade.__getitem__()
    • Clade.__iter__()
    • Clade.__len__()
    • Clade.__bool__()
    • Clade.__str__()
    • Clade.color
  • BranchColor (分支颜色)
    • BranchColor.color_names
    • BranchColor.__init__()
    • BranchColor.from_hex()
    • BranchColor.from_name()
    • BranchColor.to_hex()
    • BranchColor.to_rgb()
    • BranchColor.__repr__()
    • BranchColor.__str__()
• Bio.Phylo.CDAO 模块
  • Tree （树）
    • Tree.__init__()
  • Clade （进化枝）
    • Clade.__init__()
• Bio.Phylo.CDAOIO 模块
  • qUri()
  • format_label()
  • parse() (解析)
  • write() (写入)
  • Parser (解析器)
    • Parser.__init__()
    • Parser.from_string()
    • Parser.parse()
    • Parser.parse_handle_to_graph()
    • Parser.parse_graph()
    • Parser.new_clade()
    • Parser.get_node_info()
    • Parser.parse_children()
  • Writer (写入器)
    • Writer.prefixes
    • Writer.__init__()
    • Writer.write()
    • Writer.add_stmt_to_handle()
    • Writer.process_clade()
• Bio.Phylo.Consensus 模块
  • strict_consensus() (严格一致树)
  • majority_consensus() (多数一致树)
  • adam_consensus() (Adam 一致树)
  • get_support() (获取支持度)
  • bootstrap() (自举法)
  • bootstrap_trees() (自举树)
  • bootstrap_consensus() (自举一致树)
• Bio.Phylo.NeXML 模块
  • Tree （树）
    • Tree.__init__()
  • Clade （进化枝）
    • Clade.__init__()
• Bio.Phylo.NeXMLIO 模块
  • qUri()
  • cdao_to_obo()
  • matches() (匹配)
  • NeXMLError
  • parse() (解析)
  • write() (写入)
  • Parser (解析器)
    • Parser.__init__()
    • Parser.from_string()
    • Parser.add_annotation() (添加注释)
    • Parser.parse()
  • Writer (写入器)
    • Writer.__init__()
    • Writer.new_label() (新建标签)
    • Writer.write()
• Bio.Phylo.Newick 模块
  • Tree （树）
    • Tree.__init__()
  • Clade （进化枝）
    • Clade.__init__()
• Bio.Phylo.NewickIO 模块
  • NewickError
  • parse() (解析)
  • write() (写入)
  • Parser (解析器)
    • Parser.__init__()
    • Parser.from_string()
    • Parser.parse()
    • Parser.new_clade()
    • Parser.process_clade()
  • Writer (写入器)
    • Writer.__init__()
    • Writer.write()
    • Writer.to_strings()
• Bio.Phylo.NexusIO 模块
  • parse() (解析)
  • write() (写入)
• Bio.Phylo.PhyloXML 模块
  • 参见
  • PhyloXMLWarning
  • PhyloElement
  • Phyloxml
    • Phyloxml.__init__()
    • Phyloxml.__getitem__()
    • Phyloxml.__iter__()
    • Phyloxml.__len__()
    • Phyloxml.__str__()
  • Other (其他)
    • Other.__init__()
    • Other.__iter__()
  • Phylogeny (系统发育)
    • Phylogeny.__init__()
    • Phylogeny.from_tree()
    • Phylogeny.from_clade()
    • Phylogeny.as_phyloxml()
    • Phylogeny.to_phyloxml_container()
    • Phylogeny.to_alignment()
    • Phylogeny.alignment (比对)
    • Phylogeny.confidence (置信度)
  • Clade （进化枝）
    • Clade.__init__()
    • Clade.from_clade()
    • Clade.to_phylogeny()
    • 进化枝置信度（Clade.confidence）
    • 进化枝分类（Clade.taxonomy）
  • BranchColor (分支颜色)
    • BranchColor.__init__()
  • 登录号（Accession）
    • 登录号初始化（Accession.__init__()）
    • 登录号字符串转换（Accession.__str__()）
  • 注释（Annotation）
    • 注释引用正则表达式（Annotation.re_ref）
    • 注释初始化（Annotation.__init__()）
  • 二元特征（BinaryCharacters）
    • 二元特征初始化（BinaryCharacters.__init__()）
  • 进化枝关系（CladeRelation）
    • 进化枝关系初始化（CladeRelation.__init__()）
  • 置信度（Confidence）
    • 置信度创建（Confidence.__new__()）
    • 置信度值（Confidence.value）
  • 日期（Date）
    • 日期初始化（Date.__init__()）
    • 日期字符串转换（Date.__str__()）
  • 分布（Distribution）
    • 分布初始化（Distribution.__init__()）
  • 结构域架构（DomainArchitecture）
    • 结构域架构初始化（DomainArchitecture.__init__()）
  • 事件（Events）
    • 事件类型检查（Events.ok_type）
    • 事件初始化（Events.__init__()）
    • 事件键值对（Events.items()）
    • 事件键（Events.keys()）
    • 事件值（Events.values()）
    • 事件长度（Events.__len__()）
    • 事件索引访问（Events.__getitem__()）
    • 事件索引赋值（Events.__setitem__()）
    • 事件索引删除（Events.__delitem__()）
    • 事件迭代器（Events.__iter__()）
    • 事件成员检查（Events.__contains__()）
  • ID（Id）
    • ID初始化（Id.__init__()）
    • ID字符串转换（Id.__str__()）
  • 分子序列（MolSeq）
    • 分子序列值正则表达式（MolSeq.re_value）
    • 分子序列初始化（MolSeq.__init__()）
    • 分子序列字符串转换（MolSeq.__str__()）
  • 点（Point）
    • 点初始化（Point.__init__()）
  • 多边形（Polygon）
    • 多边形初始化（Polygon.__init__()）
    • 多边形字符串转换（Polygon.__str__()）
  • 属性（Property）
    • 属性引用正则表达式（Property.re_ref）
    • 属性应用对象检查（Property.ok_applies_to）
    • 属性数据类型检查（Property.ok_datatype）
    • 属性初始化（Property.__init__()）
  • 蛋白质结构域（ProteinDomain）
    • 蛋白质结构域初始化（ProteinDomain.__init__()）
    • 从序列特征创建蛋白质结构域（ProteinDomain.from_seqfeature()）
    • 转换为序列特征（ProteinDomain.to_seqfeature()）
  • 参考文献（Reference）
    • DOI正则表达式（Reference.re_doi）
    • 参考文献初始化（Reference.__init__()）
  • 序列（Sequence）
    • 序列类型（Sequence.types）
    • 序列符号正则表达式（Sequence.re_symbol）
    • 序列初始化（Sequence.__init__()）
    • 从序列记录创建序列（Sequence.from_seqrecord()）
    • 转换为序列记录（Sequence.to_seqrecord()）
  • 序列关系（SequenceRelation）
    • 序列关系类型检查（SequenceRelation.ok_type）
    • 序列关系初始化（SequenceRelation.__init__()）
  • 分类（Taxonomy）
    • 分类代码正则表达式（Taxonomy.re_code）
    • 分类等级检查（Taxonomy.ok_rank）
    • 分类初始化（Taxonomy.__init__()）
    • 分类字符串转换（Taxonomy.__str__()）
  • 统一资源标识符（Uri）
    • 统一资源标识符初始化（Uri.__init__()）
    • 统一资源标识符字符串转换（Uri.__str__()）
• Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模块
  • PhyloXML 错误 (PhyloXMLError)
  • read()
  • parse() (解析)
  • write() (写入)
  • Parser (解析器)
    • Parser.__init__()
    • 解析器读取 (Parser.read())
    • Parser.parse()
    • 解析器其他 (Parser.other())
    • 解析器登录号 (Parser.accession())
    • 解析器注释 (Parser.annotation())
    • 解析器二元特征 (Parser.binary_characters())
    • 解析器进化枝关系 (Parser.clade_relation())
    • 解析器颜色 (Parser.color())
    • 解析器置信度 (Parser.confidence())
    • 解析器日期 (Parser.date())
    • 解析器分布 (Parser.distribution())
    • 解析器结构域 (Parser.domain())
    • 解析器结构域架构 (Parser.domain_architecture())
    • 解析器事件 (Parser.events())
    • 解析器ID (Parser.id())
    • 解析器分子序列 (Parser.mol_seq())
    • 解析器点 (Parser.point())
    • 解析器多边形 (Parser.polygon())
    • 解析器属性 (Parser.property())
    • 解析器参考文献 (Parser.reference())
    • 解析器序列关系 (Parser.sequence_relation())
    • 解析器统一资源标识符 (Parser.uri())
  • Writer (写入器)
    • Writer.__init__()
    • Writer.write()
    • 写入器 PhyloXML (Writer.phyloxml())
    • 写入器其他 (Writer.other())
    • 写入器系统发育 (Writer.phylogeny())
    • 写入器进化枝 (Writer.clade())
    • 写入器登录号 (Writer.accession())
    • 写入器注释 (Writer.annotation())
    • 写入器二元特征 (Writer.binary_characters())
    • 写入器进化枝关系 (Writer.clade_relation())
    • 写入器颜色 (Writer.color())
    • 写入器置信度 (Writer.confidence())
    • 写入器日期 (Writer.date())
    • 写入器分布 (Writer.distribution())
    • 写入器结构域 (Writer.domain())
    • 写入器结构域架构 (Writer.domain_architecture())
    • 写入器事件 (Writer.events())
    • 写入器 ID (Writer.id())
    • 写入器分子序列 (Writer.mol_seq())
    • 写入器节点 ID (Writer.node_id())
    • 写入器点 (Writer.point())
    • 写入器多边形 (Writer.polygon())
    • 写入器属性 (Writer.property())
    • 写入器参考文献 (Writer.reference())
    • 写入器序列 (Writer.sequence())
    • 写入器序列关系 (Writer.sequence_relation())
    • 写入器分类 (Writer.taxonomy())
    • 写入器统一资源标识符 (Writer.uri())
    • 写入器替代 (Writer.alt())
    • 写入器分支长度 (Writer.branch_length())
    • 写入器纬度 (Writer.lat())
    • 写入器经度 (Writer.long())
    • 写入器最大值 (Writer.maximum())
    • 写入器最小值 (Writer.minimum())
    • 写入器值 (Writer.value())
    • 写入器宽度 (Writer.width())
    • 写入器蓝色 (Writer.blue())
    • 写入器复制 (Writer.duplications())
    • 写入器绿色 (Writer.green())
    • 写入器丢失 (Writer.losses())
    • 写入器红色 (Writer.red())
    • 写入器物种形成 (Writer.speciations())
    • 写入器二元特征 (Writer.bc())
    • 写入器代码 (Writer.code())
    • 写入器通用名称 (Writer.common_name())
    • 写入器描述 (Writer.desc())
    • 写入器描述 (Writer.description())
    • 写入器位置 (Writer.location())
    • 写入器名称 (Writer.name())
    • 写入器等级 (Writer.rank())
    • 写入器学名 (Writer.scientific_name())
    • 写入器符号 (Writer.symbol())
    • 写入器同义词 (Writer.synonym())
    • 写入器类型 (Writer.type())
• Bio.Phylo.TreeConstruction 模块
  • 距离矩阵 (DistanceMatrix)
    • 距离矩阵初始化 (DistanceMatrix.__init__())
    • 距离矩阵索引赋值 (DistanceMatrix.__setitem__())
    • 格式化为Phylip格式 (DistanceMatrix.format_phylip())
  • 距离计算器 (DistanceCalculator)
    • DNA 模型 (DistanceCalculator.dna_models)
    • 蛋白质模型 (DistanceCalculator.protein_models)
    • 模型 (DistanceCalculator.models)
    • 距离计算器初始化 (DistanceCalculator.__init__())
    • 获取距离 (DistanceCalculator.get_distance())
  • 树构造器 (TreeConstructor)
    • 构建树 (TreeConstructor.build_tree())
  • 距离树构造器 (DistanceTreeConstructor)
    • 方法 (DistanceTreeConstructor.methods)
    • 距离树构造器初始化 (DistanceTreeConstructor.__init__())
    • 构建树 (DistanceTreeConstructor.build_tree())
    • UPGMA 方法 (DistanceTreeConstructor.upgma())
    • NJ 方法 (DistanceTreeConstructor.nj())
  • 评分器 (Scorer)
    • 获取评分 (Scorer.get_score())
  • 树搜索器 (TreeSearcher)
    • 搜索 (TreeSearcher.search())
  • NNI 树搜索器 (NNITreeSearcher)
    • NNI 树搜索器初始化 (NNITreeSearcher.__init__())
    • 搜索 (NNITreeSearcher.search())
  • 简约性评分器 (ParsimonyScorer)
    • 简约性评分器初始化 (ParsimonyScorer.__init__())
    • 获取评分 (ParsimonyScorer.get_score())
  • 简约性树构造器 (ParsimonyTreeConstructor)
    • 简约性树构造器初始化 (ParsimonyTreeConstructor.__init__())
    • 构建树 (ParsimonyTreeConstructor.build_tree())

模块内容

用于处理系统发育树的包。

另请参阅：https://biopython.pythonlang.cn/wiki/Phylo