Bio.CAPS 包

模块内容

切割扩增多态性序列 (CAPS) 标记。

CAPS 标记是下面描述的差异切割位点的所在位置，以及可用于可视化该位点的一组引物。更多信息可以在论文中找到 Konieczny 和 Ausubel (1993) (PMID 8106085).

class Bio.CAPS.DifferentialCutsite(**kwds)

基类：object

比对中的差异酶切割位点。

差异切割位点是比对中酶切割至少一个序列，并且也无法切割至少另一个序列的位置。

成员

• start - 在比对中的位置。

• enzyme - 导致这种情况的酶。

• cuts_in - 酶在其中切割的序列列表（作为比对中的索引）。

• blocked_in - 酶被阻塞在其中的序列列表（作为比对中的索引）。

__init__(**kwds)

初始化 DifferentialCutsite。

每个成员（如类描述中列出）应包含为关键字。

exception Bio.CAPS.AlignmentHasDifferentLengthsError

基类：Exception

比对中的序列具有不同长度的异常。

class Bio.CAPS.CAPSMap(alignment, enzymes=None)

基类：object

显示所有可能 dcuts 的比对地图。

成员

• alignment - 被映射的比对。

• dcuts - 以 DifferentialCutsites 形式显示的可能的 CAPS 标记列表。

__init__(alignment, enzymes=None)

初始化 CAPSMap。

必需

• alignment - 要映射的比对。

可选

• enzymes - 用于创建地图的酶列表。默认为空列表。