Bio.Compass 包

模块内容

用于处理 COMPASS 输出的代码,COMPASS 是一个用于轮廓/轮廓比较的程序。

COMPASS 在以下文献中有所描述:

Sadreyev R, Grishin N. COMPASS: a tool for comparison of multiple protein alignments with assessment of statistical significance. J Mol Biol. 2003 Feb 7;326(1):317-36.

已测试 COMPASS 1.24。

Bio.Compass.read(handle)

读取包含一个 COMPASS 记录的 COMPASS 文件。

Bio.Compass.parse(handle)

迭代 COMPASS 文件中的记录。

class Bio.Compass.Record

基类: object

保存来自一个 compass 命中信息。

Ali1 是查询,Ali2 是命中。

__init__()

初始化该类。

query_coverage()

返回对齐中覆盖的查询长度。

hit_coverage()

返回对齐中覆盖的命中长度。