Bio.ExPASy 包

模块内容

用于通过 WWW 访问 ExPASy 资源的代码。

函数

get_prodoc_entry get-prodoc-entry CGI 脚本的接口。
get_prosite_entry get-prosite-entry CGI 脚本的接口。
get_prosite_raw get-prosite-raw CGI 脚本的接口。
get_sprot_raw get-sprot-raw CGI 脚本的接口。

Bio.ExPASy.get_prodoc_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry')

获取 ExPASy 上以 HTML 格式显示的 PRODOC 条目的文本句柄。

>>> from Bio import ExPASy
>>> import os
>>> with ExPASy.get_prodoc_entry('PDOC00001') as in_handle:
...     html = in_handle.read()
...
>>> with open("myprodocrecord.html", "w") as out_handle:
...     length = out_handle.write(html)
...
>>> os.remove("myprodocrecord.html")  # tidy up

对于不存在的键 XXX，ExPASy 返回包含以下文本的 HTML 格式页面：'目前没有 XXX 的 PROSITE 条目'

Bio.ExPASy.get_prosite_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry')

获取 ExPASy 上以 HTML 格式显示的 PROSITE 条目的文本句柄。

>>> from Bio import ExPASy
>>> import os
>>> with ExPASy.get_prosite_entry('PS00001') as in_handle:
...     html = in_handle.read()
...
>>> with open("myprositerecord.html", "w") as out_handle:
...     length = out_handle.write(html)
...
>>> os.remove("myprositerecord.html")  # tidy up

对于不存在的键 XXX，ExPASy 返回包含以下文本的 HTML 格式页面：'目前没有 XXX 的 PROSITE 条目'

Bio.ExPASy.get_prosite_raw(id, cgi=None)

获取 ExPASy 上原始 PROSITE 或 PRODOC 记录的文本句柄。

cgi 参数已过时，因为 ExPASy 网站已更改。

>>> from Bio import ExPASy
>>> from Bio.ExPASy import Prosite
>>> with ExPASy.get_prosite_raw('PS00001') as handle:
...     record = Prosite.read(handle)
...
>>> print(record.accession)
PS00001

如果标识符不存在，此函数会引发 ValueError

>>> handle = ExPASy.get_prosite_raw("DOES_NOT_EXIST")
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Failed to find entry 'DOES_NOT_EXIST' on ExPASy

Bio.ExPASy.get_sprot_raw(id)

获取 ExPASy 上原始 SwissProt 条目的文本句柄。

对于 ID 为 XXX 的条目，会获取 http://www.uniprot.org/uniprot/XXX.txt（根据 https://www.expasy.org/expasy_urls.html 文档）。

>>> from Bio import ExPASy
>>> from Bio import SwissProt
>>> with ExPASy.get_sprot_raw("O23729") as handle:
...     record = SwissProt.read(handle)
...
>>> print(record.entry_name)
CHS3_BROFI

如果标识符不存在，此函数会引发 ValueError

>>> ExPASy.get_sprot_raw("DOES_NOT_EXIST")
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Failed to find SwissProt entry 'DOES_NOT_EXIST'

Bio.ExPASy 包

子模块

模块内容