Bio.Pathway 包
子包
模块内容
BioPython Pathway 模块。
Bio.Pathway 是一个轻量级类库，旨在支持以下任务
在通路数据库和分析软件之间进行数据交换和预处理。
快速原型化通路分析算法
Bio.Pathway 模型中的基本对象是 Interaction，它代表任何数量的生化物质之间的任意相互作用。
网络对象用于表示通路和反应网络中物质之间的连接性。
对于不需要明确表示网络连接性的应用，应该使用专门的类 Reaction 和 System 来代替 Interacton 和 Network。
Bio.Pathway 类，尤其是 Interaction，是故意设计为非常灵活的。它们的目的用作围绕数据库特定记录的包装器，例如 BIND 对象。此模块中的增值是一个框架，用于以支持图论和数值分析的方式表示反应集合。
- 注意：此模块应被视为原型。API 可能会发生变化。
欢迎您提供意见和功能请求。
- class Bio.Pathway.Reaction(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)
基类：
object生化转化的抽象。
此类表示以下类型的（可能可逆的）生化转化
a S1 + b S2 + ... --> c P1 + d P2 + ...
- 其中
a、b、c、d... 是正数化学计量系数，
S1、S2... 是底物
P1、P2... 是产物
反应应该被视为一个或多个独立反应步骤的净结果，其中每个步骤都可能由不同的催化剂促进。对“反应代数”的支持将在将来的某个时间点添加。
- 属性
reactants – 参与物种及其化学计量系数的字典：reactants[S] = S 的化学计量常数
catalysts – 该反应所需的催化剂元组的列表/元组
reversible – 如果反应可逆则为真
data – 对任意附加数据的引用
- 不变量
对于所有 S in reactants：reactants[S] != 0
对于所有 C in catalysts：catalysts[C] != 0
- __init__(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)
初始化一个新的 Reaction 对象。
- __eq__(r)
如果 self 等于 r，则返回 True。
- __hash__()
为 self 返回一个哈希码。
- __repr__()
返回 self 的调试字符串表示。
- __str__()
返回 self 的字符串表示。
- reverse()
返回一个新的 Reaction，它是 self 的反转。
- species()
返回 self 中涉及的所有物种的列表。
- class Bio.Pathway.System(reactions=())
基类：
object反应集合的抽象。
此类在 Bio.Pathway 框架中用于表示任意反应集合，而没有明确定义的链接。
- 属性
无
- __init__(reactions=())
初始化一个新的 System 对象。
- __repr__()
返回 self 的调试字符串表示。
- __str__()
返回 self 的字符串表示。
- add_reaction(reaction)
将反应添加到 self 中。
- remove_reaction(reaction)
从 self 中删除反应。
- reactions()
返回此系统中反应的列表。
请注意，顺序是任意的！
- species()
返回此系统中物种的列表。
- stochiometry()
计算 self 的化学计量矩阵。
- 返回 (species, reactions, stoch)，其中
species = 此系统中物种的有序列表
reactions = 此系统中反应的有序列表
stoch = 2D 数组，其中 stoch[i][j] 是第 i 个反应中第 j 个物种的系数，如上面的 species 和 reactions 所定义
- class Bio.Pathway.Interaction
基类：
object任何数量的物种之间的任意相互作用。
此类定义仅作为最小包装器接口，应该由更具体的抽象实现和扩展。
- 属性
data – 对任意附加数据的引用
- __hash__()
为 self 返回一个哈希码。
- __repr__()
返回 self 的调试字符串表示。
- __str__()
返回 self 的字符串表示。
- class Bio.Pathway.Network(species=())
基类：
object一组通过相互作用明确链接的物种。
该网络是有向多图，带有标记的边。图中的节点是参与的生化物质。边表示两个物种之间的相互作用，边标签是对相关 Interaction 对象的引用。
- 属性
无
- __init__(species=())
初始化一个新的网络对象。
- __repr__()
返回此网络的调试字符串表示。
- __str__()
返回此网络的字符串表示。
- add_species(species)
将物种添加到此网络中。
- add_interaction(source, sink, interaction)
将交互添加到此网络中。
- source(species)
返回物种的唯一来源列表。
- source_interactions(species)
返回物种的 (源，交互) 对列表。
- sink(species)
返回物种的唯一汇列表。
- sink_interactions(species)
返回物种的 (汇，交互) 对列表。
- species()
返回此网络中的物种列表。
- interactions()
返回此网络中唯一的交互列表。