Bio.UniProt 包

子模块

• Bio.UniProt.GOA 模块
  • gpi_iterator()
  • gpa_iterator()
  • gafbyproteiniterator()
  • gafiterator()
  • writerec()
  • writebyproteinrec()
  • record_has()

模块内容

用于处理各种 UniProt 文件格式和与 UniProt 数据库交互的代码。

目前包括来自 UniProt-GOA 的 GAF、GPA 和 GPI 格式的解析器，作为 Bio.UniProt.GOA 模块。

另见 Bio.SwissProt 和 Bio.SeqIO 中的“swiss”支持，用于 UniProt 中仍然使用的传统纯文本序列格式。

另见 Bio.SeqIO.SwissIO，用于 Bio.SeqIO 中的“uniprot-xml”支持。

Bio.UniProt.search(query: str, fields: list[str] | None = None, batch_size: int = 500) → _UniProtSearchResults

搜索 UniProt 数据库。

考虑使用 查询语法 和 查询字段 来细化您的搜索。

查看 API 详细信息 这里。

>>> from Bio import UniProt
>>> from itertools import islice
>>> # Get the first 10 results
>>> results = UniProt.search("(organism_id:2697049) AND (reviewed:true)")[:10]

参数：

• query (str) – 用于搜索 UniProt 的查询字符串

• fields (List[str], 可选) – 要在结果中检索的列，默认为所有字段

• batch_size (int) – 每次检索的结果数量，默认为 500

返回：

搜索结果的迭代器

返回类型：

_UniProtSearchResults