Bio.Medline 包

模块内容

用于处理 NCBI 的 Medline 数据的代码。

类

• Record 保存 Medline 数据的字典。

函数

• read 读取一条 Medline 记录

• parse 允许您迭代多个 Medline 记录

class Bio.Medline.Record

基类: dict

保存 Medline 记录信息的字典。

所有数据都以 Medline 文件中出现的助记符存储。这些助记符具有以下解释

助记符	描述
AB	摘要
CI	版权信息
AD	隶属机构
IRAD	研究人员隶属机构
AID	文章标识符
AU	作者
FAU	完整作者
CN	机构作者
DCOM	完成日期
DA	创建日期
LR	最后修订日期
DEP	电子出版日期
DP	出版日期
EDAT	Entrez 日期
GS	基因符号
GN	一般说明
GR	拨款号
IR	研究人员姓名
FIR	完整研究人员姓名
IS	ISSN
IP	期号
TA	期刊标题缩写
JT	期刊标题
LA	语言
LID	位置标识符
MID	手稿标识符
MHDA	MeSH 日期
MH	MeSH 术语
JID	NLM 唯一标识符
RF	参考文献数量
OAB	其他摘要
OCI	其他版权信息
OID	其他 ID
OT	其他术语
OTO	其他术语所有者
OWN	所有者
PG	页码
PS	个人姓名作为主题
FPS	完整个人姓名作为主题
PL	出版地点
PHST	出版历史状态
PST	出版状态
PT	出版类型
PUBM	出版模式
PMC	PubMed Central 标识符
PMID	PubMed 唯一标识符
RN	注册号/EC 号
NM	物质名称
SI	二级来源 ID
SO	来源
SFM	太空飞行任务
STAT	状态
SB	子集
TI	标题
TT	音译标题
VI	卷号
CON	评论
CIN	评论
EIN	勘误表
EFR	勘误表
CRI	更正并重新出版
CRF	更正并重新出版
PRIN	部分撤回
PROF	部分撤回
RPI	重新出版
RPF	重新出版
RIN	撤回
ROF	撤回
UIN	更新
UOF	更新
SPIN	患者摘要
ORI	原始报告

Bio.Medline.parse(handle)

逐条读取句柄中的 Medline 记录。

句柄可以是 Medline 文件、类文件对象或描述一个或多个 Medline 记录的行列表。

典型用法

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result2.txt") as handle:
...     records = Medline.parse(handle)
...     for record in records:
...         print(record['TI'])
...
A high level interface to SCOP and ASTRAL ...
GenomeDiagram: a python package for the visualization of ...
Open source clustering software.
PDB file parser and structure class implemented in Python.

Bio.Medline.read(handle)

从句柄中读取一条 Medline 记录。

句柄可以是 Medline 文件、类文件对象或描述 Medline 记录的行列表。

典型用法

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result1.txt") as handle:
...     record = Medline.read(handle)
...     print(record['TI'])
...
The Bio* toolkits--a brief overview.