Bio.KEGG.REST 模块

提供用于访问 REST 风格的 KEGG 在线 API 的代码。

此模块旨在使 KEGG 在线 REST 风格的 API 更易于使用。查看：https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

KEGG REST 风格的 API 提供对一系列 KEGG 数据库的简单访问。这使用简单的 URL（此模块将为您构建）来实现，任何错误都将通过 HTTP 错误级别指示。

此功能与 Biopython 的 Bio.TogoWS 和 Bio.Entrez 模块类似。

目前 KEGG 没有提供任何使用指南（不像 NCBI 的要求相当明确）。为了避免过载服务，Biopython 每秒只允许进行三次调用。

参考文献：Kanehisa, M. and Goto, S.; KEGG: 京都基因和基因组百科全书。核酸研究。28, 29-34 (2000)。

Bio.KEGG.REST.kegg_info(database)

KEGG 信息 - 显示给定数据库的当前统计数据。

db - 数据库或生物体（字符串）

参数 db 可以是 KEGG 数据库名称（例如 'pathway' 或其官方缩写 'path'），也可以是 KEGG 生物体代码或 T 号（例如 'hsa' 或 'T01001' 代表人类）。

可以通过 kegg_info('organism') 或 https://rest.kegg.jp/list/organism 获取有效的生物体代码列表及其 T 号。

Bio.KEGG.REST.kegg_list(database, org=None)

KEGG 列表 - 数据库的条目列表，或指定的数据库条目。

db - 数据库或生物体（字符串）org - 可选生物体（字符串），见下文。

对于 pathway 和 module 数据库，可以使用可选的生物体来限制结果。

Bio.KEGG.REST.kegg_find(database, query, option=None)

KEGG 查找 - 数据搜索。

在给定数据库中查找与查询关键字或其他查询数据匹配的条目。

db - 数据库或生物体（字符串）query - 搜索词（字符串）option - 搜索选项（字符串），见下文。

对于 compound 和 drug 数据库，将 option 设置为字符串 'formula'、'exact_mass' 或 'mol_weight' 以仅在该字段上搜索。化学式搜索是部分匹配，与给定原子的顺序无关。通过舍入到与查询数据相同的十进制位数来检查精确质量（或分子量）。也可以用减号 (-) 指定一个范围的值。

Bio.KEGG.REST.kegg_get(dbentries, option=None)

KEGG 获取 - 数据检索。

dbentries - 标识符（单个字符串，或字符串列表），见下文。option - “aaseq”、“ntseq”、“mol”、“kcf”、“image”、“kgml” 之一（字符串）

输入限制为最多 10 个条目。输入限制为一个带有 image 或 kgml 选项的 pathway 条目。输入限制为一个带有 image 选项的 compound/glycan/drug 条目。

返回一个句柄。

Bio.KEGG.REST.kegg_conv(target_db, source_db, option=None)

KEGG conv - 将 KEGG 标识符转换为/从外部标识符转换。

参数

  • target_db - 目标数据库

  • source_db_or_dbentries - 源数据库或数据库条目

  • option - 可以是 “turtle” 或 “n-triple”（字符串）。

KEGG link - 使用数据库交叉引用查找相关条目。

target_db - 目标数据库 source_db_or_dbentries - 源数据库 option - 可以是 “turtle” 或 “n-triple”（字符串）。