Bio.ExPASy.ScanProsite 模块

用于调用和解析 ExPASy 的 ScanProsite 的代码。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Record

继承自: list

表示 ScanProsite 返回的搜索结果。

该记录是一个列表，包含 ScanProsite 返回的搜索结果。该记录还包含数据成员 n_match、n_seq、capped 和 warning。

__init__()

初始化类。

Bio.ExPASy.ScanProsite.scan(seq='', mirror='https://prosite.expasy.org', output='xml', **keywords)

执行 ScanProsite 搜索。

参数

• mirror: 要使用的 ScanProsite 镜像

  (默认值: https://prosite.expasy.org).

• seq: 查询序列或 UniProtKB (Swiss-Prot,

  TrEMBL) 登录号

• output: 搜索结果的格式

  (默认值: xml)

可以将其他搜索参数作为关键字传递；有关此类参数的描述，请参阅在 https://prosite.expasy.org/scanprosite/scanprosite_doc.html 上以编程方式访问 ScanProsite 的文档。

此函数返回一个指向 ScanProsite 返回的搜索结果的句柄。可以使用 Bio.ExPASy.ScanProsite.read 函数将 XML 格式的搜索结果解析为 Python 对象。

Bio.ExPASy.ScanProsite.read(handle)

将 ScanProsite 返回的搜索结果解析为 Python 对象。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Parser

继承自: ExpatParser

处理 ScanProsite 搜索的结果 (PRIVATE)。

__init__()

初始化类。

feed(data, isFinal=0)

如果数据中收到纯文本，则引发错误。

这是为了显示 ScanProsite 返回的错误消息。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler

继承自: ContentHandler

处理并填充记录，即搜索的结果 (PRIVATE)。

integers = ('start', 'stop')

strings = ('sequence_ac', 'sequence_id', 'sequence_db', 'signature_ac', 'level', 'level_tag')

__init__()

初始化类。

startElement(name, attrs)

定义记录的开头并存储搜索记录。

endElement(name)

定义搜索记录的结尾。

characters(content)

存储记录内容。