Bio.Phylo.PAML.yn00 模块

支持 yn00 的类。

杨和尼尔森 2000 年，估计蛋白质编码 DNA 序列的成对比较中同义和非同义替换率。

exception Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00Error

基类：OSError

yn00 失败。使用 verbose=True 运行以查看 yn00 的错误消息。

class Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

PAML 包中 yn00 的接口。

__init__(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化 Yn00 实例。

用户可以选择传入字符串，指定输入比对、工作目录和最终输出文件的位置。

write_ctl_file()

从选项动态构建 yn00 控制文件。

控制文件被写入 yn00 类中 ctl_file 属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到 yn00 实例中。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='yn00', parse=True)

使用当前配置运行 yn00。

如果 parse 为 True 则读取并返回结果，否则返回 None。

Bio.Phylo.PAML.yn00.read(results_file)

解析 yn00 结果文件。