Bio.Phylo.PAML.codeml 模块

用于支持 CODEML 的类。

使用密码子替换模型进行最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.codeml.CodemlError

基类： OSError

CODEML 失败。使用 verbose=True 运行以查看 CODEML 的错误消息。

class Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基类： Paml

PAML 包中 CODEML 的接口。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化 codeml 实例。

用户可以选择传递字符串，指定输入比对和树文件的位置、工作目录和最终输出文件。CODEML 控制中的其他选项默认情况下具有典型设置，以便在核苷酸比对上运行位点类模型 0、1 和 2。

write_ctl_file()

根据选项动态构建 CODEML 控制文件。

控制文件被写入 codeml 类中 ctl_file 属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到 Codeml 实例中。

print_options()

打印出所有选项及其当前设置。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='codeml', parse=True)

使用当前配置运行 codeml。

如果 parse 为 True，则读取并返回结果，否则返回 None。

尽管 CODEML 需要相对路径，但参数可以作为绝对路径或相对路径传递。

Bio.Phylo.PAML.codeml.read(results_file)

解析 CODEML 结果文件。