Bio.Phylo.Applications 包

模块内容

系统发育命令行工具包装器（已弃用）。

我们已决定在将来删除此模块，并建议您直接构建命令并通过子进程模块调用它。

class Bio.Phylo.Applications.PhymlCommandline(cmd='phyml', **kwargs)

基类: AbstractCommandline

用于树推断程序 PhyML 的命令行包装器。

主页: http://www.atgc-montpellier.fr/phyml

参考文献

Guindon S, Gascuel O. A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Systematic Biology, 2003 Oct;52(5):696-704. PubMed PMID: 14530136.

Guindon S, Dufayard JF, Lefort V, Anisimova M, Hordijk W, Gascuel O. New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0. Systematic Biology, 2010 59(3):307-21.

__init__(cmd='phyml', **kwargs)

初始化类。

property alpha

伽马分布形状参数的分布。

可以是固定的正值，也可以是“e”以获得最大似然估计。

这控制着 -a 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property bootstrap

如果值大于 0，则为引导复制次数。

否则

0: 既不计算近似似然比检验也不计算引导值。

-1: 近似似然比检验返回 aLRT 统计量。

-2: 近似似然比检验返回基于 Chi2 的参数分支支持。

-4: 仅 SH 类分支支持。

这控制着 -b 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property datatype

核苷酸的“nt”数据类型（默认）或氨基酸的“aa”。

这控制着 -d 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property frequencies

字符频率。

-f e、m 或“fA fC fG fT”

e: 经验频率，确定如下

• 核苷酸序列: （经验）通过统计比对中不同碱基的出现次数来估计平衡碱基频率。

• 氨基酸序列: （经验）通过统计比对中不同氨基酸的出现次数来估计平衡氨基酸频率。

m: 基于 ML/模型的频率，确定如下

• 核苷酸序列: （ML）使用最大似然法估计平衡碱基频率

• 氨基酸序列: （模型）使用替代模型定义的频率估计平衡氨基酸频率。

“fA fC fG fT”: 仅对基于核苷酸的模型有效。fA、fC、fG 和 fT 是分别对应于 A、C、G 和 T 的频率的浮点数。

这控制着 -f 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property input

PHYLIP 格式输入核苷酸或氨基酸序列文件名。

这控制着 -i 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property input_tree

起始树文件名。树必须是 Newick 格式。

这控制着 -u 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property model

替换模型名称。

基于核苷酸的模型

HKY85（默认）| JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | custom

对于自定义选项，六位数字字符串标识模型。例如，000000 对应于 F81（或 JC69，前提是核苷酸频率分布是一致的）。012345 对应于 GTR。此选项可用于编码嵌套在 GTR 中的任何模型。

基于氨基酸的模型

LG（默认）| WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMut | RtREV | CpREV | VT | Blosum62 | MtMam | MtArt | HIVw | HIVb | custom

这控制着 -m 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property multiple

要分析的数据集数量（整数）。

这控制着 -n 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n_rand_starts

要使用的初始随机树的数量。

仅在要执行 SPR 搜索时有效。

这控制着 –n_rand_starts 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property nclasses

相对替代速率类别的数量。

默认值 1。必须是正整数。

这控制着 -c 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property optimize

特定参数优化。

tlr: 优化树拓扑（t）、分支长度（l）和速率参数（r）。

tl: 优化树拓扑和分支长度。

lr: 优化分支长度和速率参数。

l: 优化分支长度。

r: 优化速率参数。

n: 没有优化参数。

这控制着 -o 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pars

使用最小简约起始树。

当“u”选项不存在且需要进行树拓扑修改时，会考虑此选项。

此属性控制着 -p 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property print_site_lnl

将每个站点的似然值打印到文件 *_phyml_lk.txt 中。

此属性控制着 –print_site_lnl 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property print_trace

将树搜索过程中探索的每个系统发育树打印到文件 *_phyml_trace.txt 中。

此属性控制着 –print_trace 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property prop_invar

不变位点的比例。

可以是 [0,1] 范围内的固定值，也可以是“e”以获得最大似然估计。

这控制着 -v 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property quiet

没有交互式问题（用于在批处理模式下运行）。

此属性控制着 –quiet 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property r_seed

用于启动随机数生成器的种子。

必须是整数。

这控制着 –r_seed 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property rand_start

将初始树设置为随机。

仅在要执行 SPR 搜索时有效。

此属性控制添加 –rand_start 开关，将此属性视为布尔值。

property run_id

在每个 PhyML 输出文件末尾添加给定字符串。

此选项在运行涉及 PhyML 的模拟时可能很有用。

这控制添加 –run_id 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property search

树拓扑搜索操作选项。

可以是以下之一

NNI：默认，速度快

SPR：比 NNI 慢一些

BEST：NNI 和 SPR 搜索的最佳结果

这控制添加 -s 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property sequential

将交错格式（默认）更改为顺序格式。

此属性控制添加 -q 开关，将此属性视为布尔值。

property ts_tv_ratio

转换/颠换比率。（仅限 DNA 序列。）

可以是固定正值（例如：4.0）或 e 以获取最大似然估计。

这控制添加 -t 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Phylo.Applications.RaxmlCommandline(cmd='raxmlHPC', **kwargs)

基类: AbstractCommandline

树推理程序 RAxML 的命令行包装器。

必需的参数是‘sequences’ (-s)、‘model’ (-m) 和 ‘name’ (-n)。参数 ‘parsimony_seed’ (-p) 也必须为 RAxML 设置，但如果您没有指定它，此包装器会为您将种子设置为 10000。

参考文献

Stamatakis A. RAxML-VI-HPC：具有数千个分类群和混合模型的最大似然系统发育分析。生物信息学 2006，22(21):2688-2690。

主页：http://sco.h-its.org/exelixis/software.html

例子

>>> from Bio.Phylo.Applications import RaxmlCommandline
>>> raxml_cline = RaxmlCommandline(sequences="Tests/Phylip/interlaced2.phy",
...                                model="PROTCATWAG", name="interlaced2")
>>> print(raxml_cline)
raxmlHPC -m PROTCATWAG -n interlaced2 -p 10000 -s Tests/Phylip/interlaced2.phy

您通常会使用 raxml_cline() 或通过 Python 子进程模块来运行命令行，如 Biopython 教程中所述。

__init__(cmd='raxmlHPC', **kwargs)

初始化类。

property parsimony_seed

简约推断的随机数种子。这使您可以重现结果，并将帮助开发人员调试程序。此选项在并行 MPI 版本中没有效果。

这控制添加 -p 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property algorithm

选择算法

a：在一次程序运行中进行快速引导分析并搜索最佳评分的 ML 树。

b：根据 ‘-z’ 指定的文件中的多个树（例如，形成引导），在使用 ‘-t’ 提供的树上绘制二分信息。（例如，形成引导）

c：检查 RAxML 是否可以正确读取比对。

d：新的快速爬山（默认）。

e：仅在 GAMMA/GAMMAI 下针对给定输入树优化模型+分支长度。

g：计算一个或多个通过 ‘-z’ 传递的树的每个位点对数似然，并将它们写入可以被 CONSEL 读取的文件。

h：计算最佳树（通过 ‘-t’ 传递）与通过 ‘-z’ 传递的一堆其他树之间的对数似然检验（SH-检验）。

i：执行非常彻底的引导，在 GAMMA 下对最终引导树进行细化，并使用更详尽的算法。

j：从原始比对文件生成一堆引导比对文件。

m：比较分别通过 ‘-t’ 和 ‘-z’ 传递的两堆树之间的二分。这将返回在两个树文件中找到的所有二分的皮尔逊相关性。将打印一个名为 RAxML_bipartitionFrequencies.outputFileName 的文件，其中包含两个集合的成对二分频率。

n：计算在 GAMMA 或 GAMMA+P-Invar 下，通过 ‘-z’ 提供的树文件中包含的所有树的对数似然得分。

o：旧的，速度较慢的快速爬山。

p：对新的序列执行纯逐步 MP 添加到不完整的起始树。

s：将多基因分区比对拆分为各个子比对。

t：对一个固定的起始树进行随机树搜索。

w：对通过 ‘-z’ 传递的一堆树计算 ELW 检验。

x：计算成对 ML 距离，ML 模型参数将在 MP 起始树或通过 ‘-t’ 传递的用户定义的树上进行估计，仅限于 GAMMA 基于速率异质性的模型。

这控制着 -f 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property binary_constraint

二元约束树的文件名。此树不需要是完整的，即包含所有分类群。

这控制添加 -r 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property bipartition_filename

包含多个树的文件名，例如来自引导运行，该文件将用于将二分值绘制到使用 ‘-t’ 提供的树上。它也可以与 ‘-f g’ 结合使用来计算每个位点的对数似然，以及读取一堆用于其他几个选项的树（‘-f h’，‘-f m’，‘-f n’）。

这控制添加 -z 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property bootstrap_branch_lengths

打印带有分支长度的引导树。引导将运行更长时间，因为模型参数将在每次运行结束时进行优化。与 CATMIX/PROTMIX 或 GAMMA/GAMMAI 一起使用。

此属性控制添加 -k 开关，将此属性视为布尔值。

property bootstrap_seed

用于引导的随机种子。

这控制着 -b 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property checkpoints

写入检查点（中间树拓扑）。

此属性控制添加 -j 开关，将此属性视为布尔值。

property cluster_threshold

序列相似性聚类的阈值。RAxML 然后将比对打印到名为 sequenceFileName.reducedBy.threshold 的文件中，该文件仅包含 <= 指定阈值的序列，该阈值必须介于 0.0 和 1.0 之间。RAxML 使用 QT 聚类算法来执行此任务。此外，将写入一个名为 RAxML_reducedList.outputFileName 的文件，其中包含聚类信息。

这控制添加 -l 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property cluster_threshold_fast

与 ‘-l’ 相同的功能，但使用更不详尽因此更快的聚类算法。这适用于包含 20,000-30,000 多个序列的非常大的数据集。

这控制添加 -L 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property epsilon

针对 MIX/MIXI 或 GAMMA/GAMMAI 下的树拓扑的最终优化，以对数似然单位设置模型优化精度。默认：对于不使用不变位点比例估计的模型为 0.1；对于使用不变位点比例估计的模型为 0.001。

这控制添加 -e 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property exclude_filename

一个排除文件名，包含您希望排除的比对位置的规范。格式类似于 Nexus，该文件应包含类似于 ‘100-200 300-400’ 的条目；要排除单个列，请写 ‘100-100’。如果您使用混合模型，则将写入相应调整的模型文件。

这控制添加 -E 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property grouping_constraint

多分支约束树的文件名。此树不需要是完整的，即包含所有分类群。

这控制添加 -g 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property model

核苷酸或氨基酸替换模型

核苷酸

GTRCAT：GTR + 替换率优化 + 位点特定进化率优化，这些进化率被归类为 numberOfCategories 个不同的速率类别，以提高计算效率，如果您使用 ‘-#’ 或 ‘-N’ 进行多次分析，但没有引导程序，则该程序将使用 GTRMIX 代替

GTRGAMMA：GTR + 替换率优化 + GAMMA 速率异质性模型（alpha 参数将被估计）

GTRMIX : 在 GTRCAT 模型下推断树，然后在 GTRGAMMA 模型下评估最终的树拓扑结构。

GTRCAT_GAMMA : 推断具有位点特异性进化速率的树。但是，这里的速率使用 4 个离散的 GAMMA 速率进行分类。在 GTRGAMMA 模型下评估最终的树拓扑结构。

GTRGAMMAI : 与 GTRGAMMA 相同，但估计不变位点的比例。

GTRMIXI : 与 GTRMIX 相同，但估计不变位点的比例。

GTRCAT_GAMMAI : 与 GTRCAT_GAMMA 相同，但估计不变位点的比例。

氨基酸

PROTCATmatrixName[F] : 指定的 AA 矩阵 + 替换率优化 + 位点特异性进化速率优化，这些速率被分类为 numberOfCategories 个不同的速率类别，以便在进行使用 '-#' 或 '-N' 但不进行引导的多个分析时提高计算效率，程序将使用 PROTMIX… 代替。

PROTGAMMAmatrixName[F] : 指定的 AA 矩阵 + 替换率优化 + 速率异质性的 GAMMA 模型（将估计 alpha 参数）。

PROTMIXmatrixName[F] : 在指定的 AA 矩阵 + CAT 模型下推断树，然后在指定的 AA 矩阵 + GAMMA 模型下评估最终的树拓扑结构。

PROTCAT_GAMMAmatrixName[F] : 在指定的 AA 矩阵和位点特异性进化速率下推断树。但是，这里的速率使用 4 个离散的 GAMMA 速率进行分类。在指定的 AA 矩阵 + GAMMA 模型下评估最终的树拓扑结构。

PROTGAMMAImatrixName[F] : 与 PROTGAMMAmatrixName[F] 相同，但估计不变位点的比例。

PROTMIXImatrixName[F] : 与 PROTMIXmatrixName[F] 相同，但估计不变位点的比例。

PROTCAT_GAMMAImatrixName[F] : 与 PROTCAT_GAMMAmatrixName[F] 相同，但估计不变位点的比例。

可用的 AA 替换模型：DAYHOFF、DCMUT、JTT、MTREV、WAG、RTREV、CPREV、VT、BLOSUM62、MTMAM、GTR 使用可选的 'F' 附加项，您可以指定是否要使用经验基础频率 请注意，对于混合模型，您还可以指定混合模型文件中每个基因的 AA 模型（有关详细信息，请参阅手册）。

这控制着 -m 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property name

输出文件中使用的名称。

这控制着 -n 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_bootstrap_searches

每个复制的多次引导搜索次数。使用此选项可以为每个复制获得更好的 ML 树。默认值：每个引导复制进行 1 次 ML 搜索。

这控制着 -u 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_categories

RAxML 在进化模型设置为 GTRCAT 或 GTRMIX 时使用的不同速率类别数。单个每位点速率被分类为这些速率类别，以加速计算。默认值：25。

这控制着 -c 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_replicates

在不同起始树上进行的备用运行次数。与 '-b' 选项结合使用时，将调用多次引导分析。默认值：1 次单一分析。请注意，'-N' 已被添加为备用选项，因为 '-#' 有时会与某些 MPI 作业提交系统出现问题，因为 '-#' 通常用于开始注释。

这控制着添加 '-N' 参数及其相关值。将此属性设置为所需的参数值。

property outgroup

单个外群或外群的逗号分隔列表的名称，例如 '-o Rat' 或 '-o Rat,Mouse'。如果多个外群不是单系群，则列表中的第一个名称将被选为外群。不要在分类群名称之间留空格！

这控制着 -o 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parsimony

仅计算简约起始树，然后退出。

此属性控制着添加 '-y' 开关，将此属性视为一个布尔值。

property partition_branch_lengths

打开估计每个分区的分支长度。仅在与 'partition_filename' ('-q') 结合使用时有效。每个分区的分支长度将被打印到单独的文件中。使用相应的分区长度计算分支长度的加权平均值。

此属性控制着添加 '-M' 开关，将此属性视为一个布尔值。

property partition_filename

包含将模型分配给多个替换模型的比对分区的分配的文件名。有关此文件的语法，请参阅 RAxML 手册。

这控制着添加 '-q' 参数及其相关值。将此属性设置为所需的参数值。

property protein_model

用户定义的 AA（蛋白质）替换模型的文件名。此文件必须包含 420 个条目，前 400 个是 AA 替换率（这必须是一个对称矩阵），最后 20 个是经验基础频率。

这控制着添加 '-P' 参数及其相关值。将此属性设置为所需的参数值。

property random_starting_tree

从随机起始树开始 ML 优化。

此属性控制着添加 '-d' 开关，将此属性视为一个布尔值。

property rapid_bootstrap_seed

快速引导的随机种子。

这控制着添加 '-x' 参数及其相关值。将此属性设置为所需的参数值。

property rearrangements

随后应用拓扑变化阶段的初始重新排列设置。

这控制着 -i 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequences

比对数据文件的名称，以 PHYLIP 格式。

这控制添加 -s 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property starting_tree

用户起始树的文件名，以 Newick 格式。

这控制添加 -t 参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property threads

要运行的线程数。仅限 PTHREADS 版本！确保将其设置为机器上 CPU 数量的最多值，否则性能会大幅下降！

这控制着添加 '-T' 参数及其相关值。将此属性设置为所需的参数值。

property version

显示版本信息。

此属性控制着添加 '-v' 开关，将此属性视为一个布尔值。

property weight_filename

为比对的每一列分配单个权重的列权重文件的名称。这些权重必须是整数，用任何类型和数量的空格分隔，放在单独的文件中。

这控制着 -a 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property working_dir

RAxML 将在其上写入输出文件的目录的名称。默认值：当前目录。

这控制着添加 '-w' 参数及其相关值。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Phylo.Applications.FastTreeCommandline(cmd='fasttree', **kwargs)

基类: AbstractCommandline

FastTree 的命令行包装器。

只有 input 和 out 参数是必须的。

从终端命令行使用 fasttree.exe -help 或 fasttree.exe -expert 以获取有关使用选项的更多解释。

主页：http://www.microbesonline.org/fasttree/

参考文献

Price, M.N., Dehal, P.S. 和 Arkin, A.P. (2010) FastTree 2 – 用于大型比对的近似最大似然树。PLoS ONE，5(3):e9490。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490.

例子

这是 Windows 上的示例

import _Fasttree
fasttree_exe = r"C:\FasttreeWin32\fasttree.exe"
cmd = _Fasttree.FastTreeCommandline(fasttree_exe,
...                                     input=r'C:\Input\ExampleAlignment.fsa',
...                                     out=r'C:\Output\ExampleTree.tree')
print(cmd)
out, err = cmd()
print(out)
print(err)

__init__(cmd='fasttree', **kwargs)

初始化类。

property bionj

连接选项：与 BIONJ 中的加权连接相同。

FastTree 还将在 NNI 期间对连接进行加权。

此属性控制着添加 '-bionj' 开关，将此属性视为一个布尔值。

property boot

指定用于支持值的重采样次数。

支持值选项：默认情况下，FastTree 通过对位点似然值进行 1,000 次重采样和 Shimodaira Hasegawa 检验来计算局部支持值。如果您指定 -nome，它将改为计算最小进化自举支持。在这两种情况下，支持值都是介于 0 到 1 之间的比例。

使用 -nosupport 关闭支持值，或使用 -boot 100 只使用 100 次重采样。

这控制着 -boot 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property cat

最大似然模型选项。

指定位点速率类别的数量（默认值为 20）。

这控制着 -cat 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property close

修改最佳命中列表的 close 启发式方法。

最佳命中启发式方法：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加快搜索速度 -close 0.75 – 修改 close 启发式方法，越低越保守。

这控制着 -close 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property constraintWeight

约束在拓扑搜索中的权重强度。

约束拓扑搜索选项：-constraintWeight – 如何对约束进行加权。值为 1 表示对违反约束的树长进行 1 的惩罚。默认值：100.0。

这控制着 -constraintWeight 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property constraints

指定用于约束拓扑搜索的对齐文件。

约束拓扑搜索选项：-constraints alignmentfile – 对齐文件，其中包含 0、1 和 - 的值。并非所有序列都需要存在。一列 0 和 1 定义了一个受约束的分裂。一些约束可能会被违反（请参阅标准错误中的“违反约束：”）。

这控制着 -constraints 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property expert

显示专家级帮助。

此属性控制着 -expert 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property fastest

仅搜索可见集（每个节点的最佳命中）。

搜索最佳连接：默认情况下，FastTree 将快速邻接法的“可见集”与松弛邻接法中的局部爬山算法相结合 -fastest – 仅搜索可见集（每个节点的最佳命中）。与原始快速邻接法不同，-fastest 在连接 A 和 B 后更新 visible(C)，如果 join(AB,C) 比 join(C,visible(C)) 更好。-fastest 还以非常懒惰的方式更新外部距离，-fastest 也会设置 -2nd。使用 -fastest -no2nd 来避免这种情况。

此属性控制着 -fastest 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property gamma

报告离散伽马模型下的似然值。

最大似然模型选项：-gamma – 在使用 CAT 模型优化分支长度的最终轮之后，报告相同类别数的离散伽马模型下的似然值。FastTree 使用相同的分支长度，但会优化伽马形状参数和长度的尺度。最终树将具有重新缩放的长度。与 -log 一起使用，这也会生成用于 CONSEL 的每个位点似然值，请参阅 GammaLogToPaup.pl 和 FastTree 网站上的文档。

此属性控制着 -gamma 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property gtr

最大似然模型选项。

使用广义可逆时间模型，而不是（默认）Jukes-Cantor（仅适用于核苷酸）。

此属性控制着 -gtr 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property gtrfreq

-gtrfreq A C G T

这控制着 -gtrfreq 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gtrrates

-gtrrates ac ag at cg ct gt

这控制着 -gtrrates 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

显示帮助。

此属性控制着 -help 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property input

输入 <输入文件>

需要一个以 fasta 或 phylip 格式保存的序列比对输入文件。默认情况下，FastTree 期望蛋白质比对，使用 -nt 表示核苷酸。

这控制着 input 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property intree

-intree newickfile – 从 newickfile 中读取起始树。

起始树中的任何分支长度都会被忽略。-intree 与 -n 一起使用，将为每个比对读取单独的起始树。

这控制着 -intree 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property intree1

intree1 newickfile – 为每个比对读取相同的起始树。

这控制着 -intree1 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property log

创建数据日志文件，例如中间树和每个位点的速率。

-log logfile – 保存中间树，以便您可以提取树并重新启动长时间运行的作业（如果它们崩溃）。-log 还会报告每个位点的速率（1 表示最慢的类别）。

这控制着 -log 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property makematrix

-makematrix [alignment]

这控制着 -makematrix 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

为核苷酸或氨基酸距离指定一个矩阵。

距离：默认值：对于蛋白质序列，使用对数校正距离和从 BLOSUM45 派生的氨基酸差异矩阵；对于核苷酸序列，使用 Jukes-Cantor 距离。要指定不同的矩阵，请使用 -matrix FilePrefix 或 -nomatrix。

这控制着 -matrix 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mlacc

在每个 NNI 处优化分支的选项。

拓扑优化：默认情况下，FastTree 尝试通过最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也是最小进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小进化 NNI 的轮数，使用 -spr 设置 SPR 的轮数。使用 -mlacc 2 或 -mlacc 3 在每个 NNI 处始终优化所有 5 个分支，并在 2 或 3 轮中优化所有 5 个分支。

这控制着 -mlacc 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mllen

在固定拓扑上优化分支长度。

拓扑优化：默认情况下，FastTree 尝试通过最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也是最小进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小进化 NNI 的轮数，使用 -spr 设置 SPR 的轮数。使用 -mllen 在没有 ML NNI 的情况下优化分支长度。使用 -mllen -nome 与 -intree 一起使用，在固定拓扑上优化分支长度。

此属性控制着 -mllen 开关的添加，将此属性视为一个布尔值。

property mlnni

设置最大似然 NNI 的轮数。

拓扑优化：默认情况下，FastTree 尝试通过最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也是最小进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小进化 NNI 的轮数，使用 -spr 设置 SPR 的轮数。使用 -mlnni 设置最大似然 NNI 的轮数。

这控制着 -mlnni 参数及其相关值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n

-n – 读取 N 个多序列比对。

这仅适用于 phylip 交错格式。例如，您可以将其与 phylip 的 seqboot 的输出一起使用。如果您使用 -n，FastTree 将在标准输出中每行写入一棵树。

这控制着 -n 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property nj

加入选项：常规（未加权）邻接法（默认）

此属性控制 -nj 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nni

设置最小进化最近邻交换的轮数

拓扑结构细化：默认情况下，FastTree 尝试使用最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也最小。进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小。evo. NNIs 的轮数。

这控制 -nni 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property no2nd

关闭二级最佳命中启发式算法。

最佳命中启发式算法：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加速搜索。使用 -notop（或 -slow）关闭此功能，并将所有叶节点彼此比较，并将所有新加入的节点彼此比较

-2nd 或 -no2nd 打开或关闭二级最佳命中启发式算法 这减少了内存使用量和运行时间，但可能会导致树质量略微下降。（默认情况下，-fastest 打开 -2nd。）

此属性控制 -no2nd 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nocat

最大似然模型选项：无 CAT 模型（仅 1 类）

此属性控制 -nocat 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nomatrix

指定不应该使用矩阵来计算核苷酸或氨基酸距离

距离：默认值：对于蛋白质序列，使用对数校正距离和从 BLOSUM45 派生的氨基酸差异矩阵；对于核苷酸序列，使用 Jukes-Cantor 距离。要指定不同的矩阵，请使用 -matrix FilePrefix 或 -nomatrix。

此属性控制 -nomatrix 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nome

将支持值计算更改为最小进化自举法。

拓扑结构细化：默认情况下，FastTree 尝试使用最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也最小。进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小。evo. NNIs 的轮数，以及 -spr 设置 SPR 的轮数。使用 -mllen 在没有 ML NNI 的情况下优化分支长度。使用 -mllen -nome 与 -intree 在固定拓扑结构上优化分支长度

支持值选项：默认情况下，FastTree 通过重新采样位点似然 1,000 次和 Shimodaira Hasegawa 测试来计算局部支持值。如果您指定 -nome，它将计算最小进化自举支持。在这两种情况下，支持值都是介于 0 到 1 之间的比例。

此属性控制 -nome 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property noml

停用最小进化 NNI 和 SPR。

拓扑结构细化：默认情况下，FastTree 尝试使用最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也最小。进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小。evo. NNIs 的轮数，以及 -spr 设置 SPR 的轮数。使用 -noml 关闭最小进化 NNI 和 SPR（如果使用进一步的 NNI 细化近似最大似然树，则很有用）。

此属性控制 -noml 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nopr

-nopr – 不将进度指示器写入 stderr。

此属性控制 -nopr 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nosupport

关闭支持值。

支持值选项：默认情况下，FastTree 通过对位点似然值进行 1,000 次重采样和 Shimodaira Hasegawa 检验来计算局部支持值。如果您指定 -nome，它将改为计算最小进化自举支持。在这两种情况下，支持值都是介于 0 到 1 之间的比例。

使用 -nosupport 关闭支持值，或使用 -boot 100 只使用 100 次重采样。

此属性控制 -nosupport 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property notop

关闭最佳命中列表以加速搜索

最佳命中启发式算法：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加速搜索。使用 -notop（或 -slow）关闭此功能，并将所有叶节点彼此比较，并将所有新加入的节点彼此比较。

此属性控制 -notop 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nt

默认情况下，FastTree 期望蛋白质比对，使用 -nt 针对核苷酸

此属性控制 -nt 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property out

输入 <输出文件>

需要指定 Newick Tree 输出文件的路径。

这控制 -out 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pseudo

-pseudo [权重] – 伪计数用于序列距离估计。

使用伪计数来估计重叠很少或没有重叠的序列之间的距离。（默认情况下关闭。）如果分析的比对有重叠很少或没有重叠的序列，则建议使用。如果未指定权重，则为 1.0

这控制 -pseudo 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property quiet

-quiet – 在正常操作期间不写入标准错误

（没有进度指示器，没有选项摘要，没有似然值等）

此属性控制 -quiet 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property quote

-quote – 在输出中添加引号以引用序列名称。

在输出中引用序列名称，并在其中允许空格、逗号、括号和冒号，但不允许 ‘ 字符（仅 fasta 文件）。

此属性控制 -quote 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property rawdist

关闭或调整 AA 或 NT 距离中的对数校正。

使用 -rawdist 关闭对数校正或在 AA 或 NT 距离中使用 %不同而不是 Jukes-Cantor

距离：默认值：对于蛋白质序列，使用对数校正距离和从 BLOSUM45 派生的氨基酸差异矩阵；对于核苷酸序列，使用 Jukes-Cantor 距离。要指定不同的矩阵，请使用 -matrix FilePrefix 或 -nomatrix。

此属性控制 -rawdist 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property refresh

用于加入的节点与其他节点比较的条件的参数

最佳命中启发式算法：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加速搜索 -refresh 0.8 – 如果加入节点的最佳命中列表小于所需长度的 80%，或者最佳命中列表的年龄大于或等于 log2(m)，则将加入节点与所有其他节点比较。

这控制 -refresh 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property second

打开二级最佳命中启发式算法。

最佳命中启发式算法：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加速搜索。使用 -notop（或 -slow）关闭此功能，并将所有叶节点彼此比较，并将所有新加入的节点彼此比较

-2nd 或 -no2nd 打开或关闭二级最佳命中启发式算法 这减少了内存使用量和运行时间，但可能会导致树质量略微下降。（默认情况下，-fastest 打开 -2nd。）

此属性控制 -2nd 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property seed

使用 -seed 初始化随机数生成器。

支持值选项：默认情况下，FastTree 通过重新采样位点似然 1,000 次和 Shimodaira Hasegawa 测试来计算局部支持值。如果您指定 -nome，它将计算最小进化自举支持。在这两种情况下，支持值都是介于 0 到 1 之间的比例。

这控制 -seed 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property slow

使用穷举搜索。

搜索最佳加入：默认情况下，FastTree 将快速邻接法中的“可见集”与局部爬山算法相结合，就像松弛邻接法一样 -slow – 穷举搜索（如 NJ 或 BIONJ，但间隙处理不同） -slow 对于 1,250 个蛋白质需要半小时，而不是 8 秒

此属性控制 -slow 开关的添加，将此属性视为布尔值。

property slownni

关闭启发式算法以避免使用 NNI 的恒定子树。

拓扑结构细化：默认情况下，FastTree 尝试使用最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻交换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝重新嫁接 (SPR) 移动（也最小。进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小。evo. NNIs 的轮数，以及 -spr 设置 SPR 的轮数。使用 -slownni 关闭启发式算法以避免恒定子树（影响 ML 和 ME NNI）。

此属性控制是否添加 -slownni 开关，将其视为布尔值。

property spr

设置子树剪枝嫁接移动的轮数

拓扑优化：默认情况下，FastTree 尝试通过最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻互换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝嫁接 (SPR) 移动（也是最小进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小进化 NNI 的轮数，并使用 -spr 设置 SPR 的轮数。

这控制着 -spr 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的 аргумент 值。

property sprlength

设置拓扑优化中最大 SPR 移动长度（默认值为 10）。

拓扑优化：默认情况下，FastTree 尝试通过最多 4*log2(N) 轮最小进化最近邻互换 (NNI) 来改进树，其中 N 是唯一序列的数量，2 轮子树剪枝嫁接 (SPR) 移动（也是最小进化），以及最多 2*log(N) 轮最大似然 NNI。使用 -nni 设置最小进化 NNI 的轮数，并使用 -spr 设置 SPR 的轮数。

这控制着 -sprlength 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的 аргумент 值。

property top

最佳命中列表，用于加速搜索

最佳命中启发式算法：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加速搜索。使用 -notop（或 -slow）关闭此功能，并将所有叶节点彼此比较，并将所有新加入的节点彼此比较。

此属性控制是否添加 -top 开关，将其视为布尔值。

property topm

更改最佳命中计算方法

最佳命中启发式：默认情况下，FastTree 使用最佳命中列表来加速搜索 -topm 1.0 – 将最佳命中列表大小设置为 parameter*sqrt(N) FastTree 从“接近”邻居的最佳 2*m 个命中中估计叶子的最佳 m 个命中，其中接近定义为 d(seed,close) < 0.75 * d(seed, hit of rank 2*m)，并在合并过程中更新最佳命中。

这控制着 -topm 参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的 аргумент 值。

property wag

最大似然模型选项。

使用 Whelan-And-Goldman 2001 模型代替 (默认) Jones-Taylor-Thorton 1992 模型 (仅限氨基酸)

此属性控制是否添加 -wag 开关，将其视为布尔值。