Bio.Phylo.NewickIO 模块

用于 Newick 文件格式的 I/O 函数包装器。

参见：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html

exception Bio.Phylo.NewickIO.NewickError

基类：Exception

当 Newick 对象构建无法继续时引发的异常。

Bio.Phylo.NewickIO.parse(handle, **kwargs)

迭代 Newick 文件句柄中的树。

返回值：:

Bio.Phylo.Newick.Tree 对象的生成器。

Bio.Phylo.NewickIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

将树以 Newick 格式写入给定的文件句柄。

返回值：:

写入的树的数量。

class Bio.Phylo.NewickIO.Parser(handle)

基类：object

解析给定文件句柄的 Newick 树。

基于 Bio.Nexus.Trees 中的解析器。

__init__(handle)

初始化 Newick 树的文件句柄。

classmethod from_string(treetext)

从给定的字符串实例化 Newick 树类。

parse(values_are_confidence=False, comments_are_confidence=False, rooted=False)

解析此对象初始化的文本流。

new_clade(parent=None)

返回新的 Newick.Clade，可以选择临时引用父级。

process_clade(clade)

删除节点的父级并返回它。解析的 clade 的最终处理。

class Bio.Phylo.NewickIO.Writer(trees)

基类：object

基于 Bio.Nexus.Trees 中的写入器（str，to_string）。

__init__(trees)

初始化 Tree Writer 对象的参数。

write(handle, **kwargs)

将此实例的树写入文件句柄。

to_strings(confidence_as_branch_length=False, branch_length_only=False, plain=False, plain_newick=True, ladderize=None, max_confidence=1.0, format_confidence='%1.2f', format_branch_length='%1.5f')

返回可迭代的 PAUP 兼容树行。