Bio.Phylo.NexusIO 模块
用于 Bio.Nexus
树的 I/O 函数包装器。
- Bio.Phylo.NexusIO.parse(handle)
解析 Nexus 文件中的树。
使用旧的 Nexus.Trees 解析器提取树,将其转换回普通的 Newick 树,并将这些字符串通过新的 Newick 解析器。这样我们就不用修改 Nexus 模块了。(也许我们最终会将 Nexus 更改为直接使用新的 NewickIO 解析器。)
- Bio.Phylo.NexusIO.write(obj, handle, **kwargs)
写入一个包含给定树的新 Nexus 文件。
使用简单的 Nexus 模板和 NewickIO 编写器来序列化仅树和有效 Nexus 文件所需的最小支持信息。