Bio.Phylo.NeXMLIO 模块

用于 NeXML 文件格式的 I/O 函数包装器。

参见：http://www.nexml.org

Bio.Phylo.NeXMLIO.qUri(s)

给定一个带前缀的 URI，返回完整 URI。

Bio.Phylo.NeXMLIO.cdao_to_obo(s)

可选地将 CDAO 前缀 URI 转换为 OBO 前缀 URI。

Bio.Phylo.NeXMLIO.matches(s)

检查 CDAO 和 OBO 命名空间中的匹配项。

exception Bio.Phylo.NeXMLIO.NeXMLError

基类：Exception

当 NeXML 对象构造无法继续时引发的异常。

Bio.Phylo.NeXMLIO.parse(handle, **kwargs)

遍历 NeXML 文件句柄中的树。

返回值：:

Bio.Phylo.NeXML.Tree 对象的生成器。

Bio.Phylo.NeXMLIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

将树以 NeXML 格式写入给定的文件句柄。

返回值：:

写入的树木数量。

class Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser(handle)

基类：object

使用文件句柄解析 NeXML 树。

基于 Bio.Nexus.Trees 中的解析器。

__init__(handle)

初始化 NeXML 文件解析器的参数。

classmethod from_string(treetext)

将文件句柄转换为 StringIO 对象。

add_annotation(node_dict, meta_node)

为 NeXML 解析器添加注释。

parse(values_are_confidence=False, rooted=False)

解析此对象初始化的文本流。

class Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer(trees)

基类：object

基于 Bio.Nexus.Trees 中的写入器 (str, to_string)。

__init__(trees)

初始化 NeXML 写入器的参数。

new_label(obj_type)

为 NeXML 写入器创建新标签。

write(handle, cdao_to_obo=True, **kwargs)

将此实例的树写入文件句柄。