Bio.Phylo.CDAOIO 模块

RDF/CDAO 文件格式的 I/O 函数包装器。

这是一种符合比较数据分析本体 (CDAO) 的 RDF 格式。参见：http://evolutionaryontology.org/cdao

此模块需要 librdf Python 绑定 (http://www.librdf.org)

除了解析文本文件之外，CDAOIO.Parser 还可以直接从实现 Redland 存储接口的三元组存储中解析；类似地，CDAOIO.Writer 可以将三元组存储到三元组存储中，而不是将其序列化到文件。

Bio.Phylo.CDAOIO.qUri(x)

为 librdf 解析 URI。

Bio.Phylo.CDAOIO.format_label(x)

为 librdf 格式化标签。

Bio.Phylo.CDAOIO.parse(handle, **kwargs)

迭代 CDAO 文件句柄中的树。

返回:

Bio.Phylo.CDAO.Tree 对象的生成器。

Bio.Phylo.CDAOIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

以 CDAO 格式将树写入给定的文件句柄。

返回:

写入的树的数量。

class Bio.Phylo.CDAOIO.Parser(handle=None)

Bases: object

给定文件句柄解析 CDAO 树。

__init__(handle=None)

初始化 CDAO 树解析器。

classmethod from_string(treetext)

从给定的字符串实例化该类。

parse(**kwargs)

解析此对象初始化的文本流。

parse_handle_to_graph(rooted=False, parse_format='turtle', context=None, **kwargs)

将 self.handle 解析为 RDF 模型 self.model。

parse_graph(graph=None, context=None)

迭代 RDF 模型，生成 CDAO.Tree 实例。

new_clade(node)

为给定的命名节点返回 CDAO.Clade 对象。

get_node_info(graph, context=None)

创建一个包含树中所有节点信息的字典。

parse_children(node)

遍历树以创建嵌套的枝结构。

返回一个 CDAO.Clade，并为每个子级递归调用自身，遍历整棵树并创建一个嵌套的 CDAO.Clade 对象结构。

class Bio.Phylo.CDAOIO.Writer(trees)

Bases: object

基于 Bio.Nexus.Trees 中的编写器 (str, to_string)。

prefixes = {'cdao': 'http://purl.obolibrary.org/obo/cdao.owl#', 'obo': 'http://purl.obolibrary.org/obo/', 'owl': 'http://www.w3.org/2002/07/owl#', 'rdf': 'http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#', 'rdfs': 'http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#'}

__init__(trees)

初始化写入 CDAO 树的参数。

write(handle, tree_uri='', record_complete_ancestry=False, rooted=False, **kwargs)

将此实例的树写入文件句柄。

add_stmt_to_handle(handle, stmt)

将 URI 前缀添加到句柄。

process_clade(clade, parent=None, root=False)

递归地生成描述枝树的三元组。