Bio.Phylo.Consensus 模块
用于查找共识树的类和方法。
此模块包含一个 _BitString 类来辅助共识树搜索，以及一些常见的共识算法，例如严格共识、多数规则共识和亚当共识。
- Bio.Phylo.Consensus.strict_consensus(trees)
从多个树中搜索严格共识树。
- 参数:
- trees可迭代对象
用于生成共识树的可迭代树。
- Bio.Phylo.Consensus.majority_consensus(trees, cutoff=0)
从多个树中搜索多数规则共识树。
这是一种扩展的多数规则方法，这意味着你可以设置 0 到 1 之间的任意截止值，而不是 0.5。截止值的默认值为 0，以便在任何条件下（只要提供的树中有一个是二叉树）创建松散的二叉共识树。结果共识树中每个共识分支的长度是该分支所有计数的平均长度。
- 参数:
- trees可迭代对象
用于生成共识树的可迭代树。
- Bio.Phylo.Consensus.adam_consensus(trees)
从多个树中搜索亚当共识树。
- 参数:
- trees列表
用于生成共识树的树列表。
- Bio.Phylo.Consensus.get_support(target_tree, trees, len_trees=None)
根据引导复制树计算目标树的分支支持。
- 参数:
- target_treeTree
用于计算分支支持的树。
- trees可迭代对象
用于计算分支支持的可迭代树。
- len_treesint
树的复制次数（可选）。当 len(trees) 不是有效操作时，必须提供 len_trees。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap(msa, times)
从多序列比对中生成引导复制（已过时）。
- 参数:
- msaMultipleSeqAlignment
用于生成复制的多序列比对。
- timesint
引导次数。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_trees(alignment, times, tree_constructor)
从多序列比对中生成引导复制树。
- 参数:
- alignmentAlignment 或 MultipleSeqAlignment 对象
用于生成复制的多序列比对。
- timesint
引导次数。
- tree_constructorTreeConstructor
用于构建树的树构造器。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_consensus(alignment, times, tree_constructor, consensus)
一系列引导树的多序列比对的共识树。
- 参数:
- alignmentAlignment 或 MultipleSeqAlignment 对象
用于生成复制的多序列比对。
- timesint
引导次数。
- tree_constructorTreeConstructor
用于构建树的树构造器。
- consensus函数
此模块中的共识方法：
strict_consensus、majority_consensus、adam_consensus。