Bio.Phylo.PAML.baseml 模块

用于支持 baseml 的类。

核苷酸序列的最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.baseml.BasemlError

基类：OSError

BASEML 失败。使用 verbose=True 运行以查看 BASEML 的错误消息。

class Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

PAML 包中 BASEML 的接口。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化 Baseml 实例。

用户可以选择传入指定输入比对和树文件位置、工作目录以及最终输出文件的字符串。

write_ctl_file()

从选项动态构建 BASEML 控制文件。

控制文件被写入 baseml 类 ctl_file 属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到 Baseml 实例中。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='baseml', parse=True)

使用当前配置运行 baseml。

检查树属性是否已指定并存在，然后运行 baseml。如果 parse 为 True，则读取并返回结果，否则返回 None。

尽管 BASEML 需要相对路径，但参数可以作为绝对路径或相对路径传递。

Bio.Phylo.PAML.baseml.read(results_file)

解析 BASEML 结果文件。