Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模块

PhyloXML 阅读器/解析器、编写器和相关函数。

从解析的 PhyloXML 文件实例化树元素，并从 Bio.Phylo.PhyloXML 对象构建 XML 文件。

关于大写

• phyloXML 指文件格式规范

• PhyloXML 指 Biopython 模块 Bio.Phylo.PhyloXML 及其类

• Phyloxml 指 PhyloXMLIO.read （但不是 Bio.Phylo.read！）使用的顶级类，包含一个 Phylogenies 列表（从 BaseTree.Tree 派生的对象）

exception Bio.Phylo.PhyloXMLIO.PhyloXMLError

Bases: Exception

在 PhyloXML 对象构建无法继续时引发的异常。

XML 语法错误将由底层 ElementTree 模块找到并引发；此异常用于违反 phyloXML 规范的有效 XML。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.read(file)

解析 phyloXML 文件或流并构建 Biopython 对象的树。

根节点的子节点是系统发育和可能的其他任意（非 phyloXML）对象。

返回值：

单个 Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml 对象。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.parse(file)

迭代 phyloXML 文件中的系统发育树。

这将忽略顶层存储的任何附加数据，但可能比 read 函数更节省内存。

返回值：

Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 对象的生成器。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.write(obj, file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

写入 phyloXML 文件。

参数：

obj

Phyloxml、Phylogeny 或 BaseTree.Tree 的实例，或这两个的任何一个的迭代。在序列化之前，该对象将被转换为 Phyloxml 对象。

file

打开的句柄或文件名。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser(file)

Bases: object

从 XML 流解析所有 phyloXML 节点的方法。

为了最大程度地减少内存使用，在完成每个系统发育、进化枝和顶层“其他”元素后，ElementTree 解析事件的树将被清除。进化枝级别的元素将在当前进化枝解析完成之前保留在内存中 - 这不应该成为问题，因为进化枝是唯一递归元素，并且此级别以下的非进化枝节点的大小是有限的。

__init__(file)

初始化类。

read()

解析 phyloXML 文件并创建一个 Phyloxml 对象。

parse()

增量解析 phyloXML 文件并返回每个系统发育。

other(elem, namespace, localtag)

创建 Other 对象，一个非 phyloXML 元素。

accession(elem)

创建 accession 对象。

annotation(elem)

创建 annotation 对象。

binary_characters(elem)

创建二进制字符对象。

clade_relation(elem)

创建进化枝关系对象。

color(elem)

创建分支颜色对象。

confidence(elem)

创建置信度对象。

date(elem)

创建日期对象。

distribution(elem)

创建地理分布对象。

domain(elem)

创建蛋白质结构域对象。

domain_architecture(elem)

创建结构域体系结构对象。

events(elem)

创建事件对象。

id(elem)

创建标识符对象。

mol_seq(elem)

创建分子序列对象。

point(elem)

创建点对象，点的坐标。

polygon(elem)

创建多边形对象，点的列表。

property(elem)

从外部资源创建属性。

reference(elem)

创建文献引用对象。

sequence_relation(elem)

创建序列关系对象，两个序列之间的关系。

uri(elem)

创建 uri 对象，预期为 url。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer(phyloxml)

Bases: object

将 PhyloXML 对象序列化为 XML 的方法。

__init__(phyloxml)

从 PhyloXML 对象构建一个 ElementTree。

write(file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

将 PhyloXML 写入文件。

phyloxml(obj)

将 phyloxml 转换为 Etree 元素。

other(obj)

将 other 转换为 Etree 元素。

phylogeny(obj)

按顺序序列化一个系统发育树及其子节点。

clade(obj)

按顺序序列化一个分支及其子节点。

accession(obj)

按顺序序列化一个 accession 及其子节点。

annotation(obj)

按顺序序列化一个 annotation 及其子节点。

binary_characters(obj)

序列化一个 binary_characters 节点及其子节点。

clade_relation(obj)

按顺序序列化一个 clade_relation 及其子节点。

color(obj)

按顺序序列化一个 color 及其子节点。

confidence(obj)

按顺序序列化一个 confidence 及其子节点。

date(obj)

按顺序序列化一个 date 及其子节点。

distribution(obj)

按顺序序列化一个 distribution 及其子节点。

domain(obj)

序列化一个 domain 节点。

domain_architecture(obj)

按顺序序列化一个 domain_architecture 及其子节点。

events(obj)

按顺序序列化一个 events 及其子节点。

id(obj)

按顺序序列化一个 id 及其子节点。

mol_seq(obj)

按顺序序列化一个 mol_seq 及其子节点。

node_id(obj)

按顺序序列化一个 node_id 及其子节点。

point(obj)

按顺序序列化一个 point 及其子节点。

polygon(obj)

按顺序序列化一个 polygon 及其子节点。

property(obj)

按顺序序列化一个 property 及其子节点。

reference(obj)

按顺序序列化一个 reference 及其子节点。

sequence(obj)

按顺序序列化一个 sequence 及其子节点。

sequence_relation(obj)

按顺序序列化一个 sequence_relation 及其子节点。

taxonomy(obj)

按顺序序列化一个 taxonomy 及其子节点。

uri(obj)

按顺序序列化一个 uri 及其子节点。

alt(obj)

序列化一个简单的 alt 节点。

branch_length(obj)

序列化一个简单的 branch_length 节点。

lat(obj)

序列化一个简单的 lat 节点。

long(obj)

序列化一个简单的 long 节点。

maximum(obj)

序列化一个简单的 maximum 节点。

minimum(obj)

序列化一个简单的 minimum 节点。

value(obj)

序列化一个简单的 value 节点。

width(obj)

序列化一个简单的 width 节点。

blue(obj)

序列化一个简单的 blue 节点。

duplications(obj)

序列化一个简单的 duplications 节点。

green(obj)

序列化一个简单的 green 节点。

losses(obj)

序列化一个简单的 losses 节点。

red(obj)

序列化一个简单的 red 节点。

speciations(obj)

序列化一个简单的 speciations 节点。

bc(obj)

序列化一个简单的 bc 节点。

code(obj)

序列化一个简单的 code 节点。

common_name(obj)

序列化一个简单的 common_name 节点。

desc(obj)

序列化一个简单的 desc 节点。

description(obj)

序列化一个简单的 description 节点。

location(obj)

序列化一个简单的 location 节点。

name(obj)

序列化一个简单的 name 节点。

rank(obj)

序列化一个简单的 rank 节点。

scientific_name(obj)

序列化一个简单的 scientific_name 节点。

symbol(obj)

序列化一个简单的 symbol 节点。

synonym(obj)

序列化一个简单的 synonym 节点。

type(obj)

序列化一个简单的 type 节点。