Bio.PDB.PICIO 模块

PICIO：读写蛋白质内部坐标 (.pic) 数据文件。

Bio.PDB.PICIO.read_PIC(file: TextIO, verbose: bool = False, quick: bool = False, defaults: bool = False) → Structure

从文件中加载蛋白质内部坐标 (.pic) 数据。

PIC 文件格式

注释行以 # 开头
(可选) PDB HEADER 记录
- idcode 和沉积日期建议但可选
- 沉积日期采用 PDB 格式或 Biopython 修改后的格式
(可选) PDB TITLE 记录
重复
- Biopython 残基完整 ID - 设置返回结构的残基 ID
- (可选) PDB N、CA、C ATOM 记录，用于链起点
- (可选) 残基的 PIC Hedra 记录
- (可选) 残基的 PIC Dihedra 记录
- (可选) BFAC 记录，列出 AtomKeys 和 B 因子

改进将为 HOH（水）条目定义相对位置。

如果 defaults=True，则将为任何值提供默认值。默认值在 ic_data.py 中提供，但结构在与真实坐标有任何偏差的情况下会迅速降级。尝试使用 Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue.pic_flags 选项来 write_PIC() 验证这一点。

注意：如果存在 O，则在组装时会忽略二面角 (i-1)C-N-CA-CB。

默认情况下，C-beta 使用 O-C-CA-CB 进行放置，但一些 PDB 文件残基中缺少 O，这意味着侧链无法放置。提供了备用 CB 路径 (i-1)C-N-CA-CB 来规避这种情况，但如果需要此路径，则必须与 PHI ((i-1)C-N-CA-C) 一起调整，因为它们重叠（请参阅 bond_set() 和 bond_rotate() 自动处理这种情况）。

参数：

file (Bio.File) – as_handle() 文件名或句柄
verbose (bool) – 当行不符合预期时进行抱怨
quick (bool) – 不要检查所有二面角的残基（没有默认值）
defaults (bool) – 根据参考数据库创建所需的二面角/多面角。如果 ‘H’ 在 IC_Residue.accept_atoms 中，则会创建酰胺质子

返回值：

Biopython 结构对象，具有 .internal_coord 属性但没有坐标的残基，除了链起点 N、CA、C 原子（如果提供），或者在解析失败时为 None（除非 verbose=True 则保持静默）

Bio.PDB.PICIO.read_PIC_seq(seqRec: SeqRecord, pdbid: str | None = None, title: str | None = None, chain: str | None = None) → Structure: 将 SeqRecord 读取到具有默认内部坐标的 Structure 中。

Bio.PDB.PICIO.enumerate_atoms(entity): 确保实体中的所有原子都设置了 serial_number。

Bio.PDB.PICIO.pdb_date(datestr: str) → str: 将 yyyy-mm-dd 日期转换为 dd-month-yy。

Bio.PDB.PICIO.write_PIC(entity, file, pdbid=None, chainid=None, picFlags: int = IC_Residue.picFlagsDefault, hCut: float | None = None, pCut: float | None = None)

将蛋白质内部坐标 (PIC) 写入文件。

请参阅 read_PIC() 查看文件格式。请参阅 IC_Residue.pic_accuracy 以更改数值精度。递归到较低的实体级别 (M、C、R)。

参数：

entity (Entity) – Biopython PDB 实体对象：S、M、C 或 R
file (Bio.File) – as_handle() 文件名或句柄
pdbid (str) – PDB idcode，如果未提供，则从实体中读取
chainid (char) – PDB 链 ID，如果需要，则从 C 级别实体.id 中设置
picFlags (int) –
控制输出的布尔标志，在 Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue.pic_flags 中定义
- ”psi”，
- ”omg”，
- ”phi”，
- ”tau”， # tau 多面角 (N-Ca-C)
- ”chi1”，
- ”chi2”，
- ”chi3”，
- ”chi4”，
- ”chi5”，
- ”pomg”， # 脯氨酸 omega
- ”chi”， # chi1 到 chi5
- ”classic_b”， # psi | phi | tau | pomg
- ”classic”， # classic_b | chi
- ”hedra”， # 所有多面角，包括键长
- ”primary”， # 所有主要二面角
- ”secondary”， # 所有次要二面角（从主要二面角固定角度）
- ”all”， # hedra | primary | secondary
- ”initAtoms”， # 初始 Tau (N-Ca-C) 的 XYZ 坐标
- ”bFactors”
默认值是所有内容
```
picFlagsDefault = (
    pic_flags.all | pic_flags.initAtoms | pic_flags.bFactors
)
```
在您的代码中使用
```
# just primary dihedra and all hedra
picFlags = (
    IC_Residue.pic_flags.primary | IC_Residue.pic_flags.hedra
)

# no B-factors:
picFlags = IC_Residue.picFlagsDefault
picFlags &= ~IC_Residue.pic_flags.bFactors
```
read_PIC() 以及 (defaults=True) 将使用任何遗漏内容的默认值
hCut (float) – 默认 None，仅写入 ref db 角标准偏差大于此值的那些多面角
pCut (float) – 默认 None，仅写入 ref db 角标准偏差大于此值的那些主要二面角

默认值:

2019 年 9 月从 Dunbrack cullpdb_pc20_res2.2_R1.0 获得的平均数据。

请参阅

PISCES：蛋白质序列剔除服务器

‘G. Wang and R. L. Dunbrack, Jr. PISCES: a protein sequence culling server. Bioinformatics, 19:1589-1591, 2003.’

“主”和“次”二面角在 ic_data.py 中定义。具体来说，次二面角可以确定为从另一个已知角度的固定旋转，例如 N-Ca-C-O 可以从 N-Ca-C-N (psi) 估算得出。

标准差列在 <biopython distribution>/Bio/PDB/ic_data.py 中，用于默认值，可用于限制哪些面角和二面角使用默认值，以及从结构输出精确测量值（参见上面的 hCut 和 pCut）。主二面角（psi、phi、omega、chi1 等）的默认值选择为最常见的整数值，而不是平均值。

引发:

PDBException – 如果实体级别为 A（原子）
异常 – 如果实体没有 .level 属性