Bio.File 模块

用于更高级文件句柄的代码。

Bio.File 定义了 Bio.SeqIO 和 Bio.SearchIO 中用于索引文件的私有类。这些类不供直接使用。

Bio.File.as_handle(handleish, mode='r', **kwargs)

上下文管理器，确保我们使用的是句柄。

用于可以传递给 SeqIO 和 AlignIO 读取、写入和解析方法的参数的上下文管理器：文件对象或类路径对象（字符串、pathlib.Path 实例，或者更一般地说，任何可以由内置“open”函数处理的对象）。

当给定一个类路径对象时，返回该路径的打开文件句柄，并带有提供的模式，该句柄将在管理器退出时关闭。

所有其他输入都会被返回，并且*不会*被关闭。

参数

• handleish - 文件句柄或类路径对象（任何可以

  传递给内置“open”函数的对象，例如 str、bytes、pathlib.Path 和 os.DirEntry 对象）

• mode - 打开 handleish 的模式（仅在 handleish 是字符串时使用）

• kwargs - 传递给 open(…) 的其他参数

示例

>>> from Bio import File
>>> import os
>>> with File.as_handle('seqs.fasta', 'w') as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
True

>>> handle = open('seqs.fasta', 'w')
>>> with File.as_handle(handle) as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
False
>>> fp.close()
>>> os.remove("seqs.fasta")  # tidy up