Bio.PDB.PSEA 模块
PSEA 的包装器，PSEA 是一种用于二级结构分配的程序。
有关 P-SEA 的引用，请参阅 PMID: 9183534
Labesse G, Colloc’h N, Pothier J, Mornon J-P: P-SEA: a new efficient assignment of secondary structure from C_alpha. Comput Appl Biosci 1997 , 13:291-295
ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/
- Bio.PDB.PSEA.run_psea(fname, verbose=False)
运行 PSEA 并返回输出文件名。
请注意，这假设 P-SEA 二进制文件名为“psea”并且位于路径中。
请注意，P-SEA 将使用输入文件名和扩展名“.sea”在当前目录中写入输出文件。
- 请注意，除非
verbose 设置为 True，否则 P-SEA 不会在运行时将输出写入终端。
- Bio.PDB.PSEA.psea(pname)
解析 PSEA 输出文件。
- Bio.PDB.PSEA.psea2HEC(pseq)
将 PSEA 二级结构字符串转换为 HEC。
- Bio.PDB.PSEA.annotate(m, ss_seq)
将二级结构信息应用于模型中的残基。