Bio.PDB.Polypeptide 模块
多肽相关类（构建和表示）。
包含多个链的简单示例，
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder
>>> structure = PDBParser().get_structure('2BEG', 'PDB/2BEG.pdb')
>>> ppb=PPBuilder()
>>> for pp in ppb.build_peptides(structure):
... print(pp.get_sequence())
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
使用 PDB 文件中的 HETATM 行的非标准氨基酸示例，在这种情况下为硒代蛋氨酸 (MSE)
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder
>>> structure = PDBParser().get_structure('1A8O', 'PDB/1A8O.pdb')
>>> ppb=PPBuilder()
>>> for pp in ppb.build_peptides(structure):
... print(pp.get_sequence())
DIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNW
TETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEE
TACQG
如果您愿意，可以在肽中包含非标准氨基酸
>>> for pp in ppb.build_peptides(structure, aa_only=False):
... print(pp.get_sequence())
... print("%s %s" % (pp.get_sequence()[0], pp[0].get_resname()))
... print("%s %s" % (pp.get_sequence()[-7], pp[-7].get_resname()))
... print("%s %s" % (pp.get_sequence()[-6], pp[-6].get_resname()))
MDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQG
M MSE
M MSE
M MSE
在这种情况下，硒代蛋氨酸（第一个以及最后第七和第六个残基）已通过 get_sequence 方法显示为 M（蛋氨酸）。
- Bio.PDB.Polypeptide.index_to_one(index)
索引到相应的单字母氨基酸名称。
>>> index_to_one(0) 'A' >>> index_to_one(19) 'Y'
- Bio.PDB.Polypeptide.one_to_index(s)
单字母代码到索引。
>>> one_to_index('A') 0 >>> one_to_index('Y') 19
- Bio.PDB.Polypeptide.index_to_three(i)
索引到相应的三个字母氨基酸名称。
>>> index_to_three(0) 'ALA' >>> index_to_three(19) 'TYR'
- Bio.PDB.Polypeptide.three_to_index(s)
三个字母代码到索引。
>>> three_to_index('ALA') 0 >>> three_to_index('TYR') 19
- Bio.PDB.Polypeptide.is_aa(residue, standard=False)
如果残基对象/字符串是氨基酸，则返回 True。
- 参数：:
residue (L{Residue} 或 string) – L{Residue} 对象或三个字母的氨基酸代码
standard (boolean) – 检查 20 个氨基酸的标志（默认值为 false）
>>> is_aa('ALA') True
已知修饰氨基酸的三字母代码受支持，
>>> is_aa('FME') True >>> is_aa('FME', standard=True) False
- Bio.PDB.Polypeptide.is_nucleic(residue, standard=False)
如果残基对象/字符串是核酸，则返回 True。
- 参数：:
residue (L{Residue} 或 string) – L{Residue} 对象或三个字母代码
standard (boolean) – 用于检查 8 个（DNA + RNA）规范碱基的标志。默认值为 False。
>>> is_nucleic('DA ') True
>>> is_nucleic('A ') True
已知修饰核苷酸的三字母代码受支持，
>>> is_nucleic('A2L') True >>> is_nucleic('A2L', standard=True) False
- class Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide(iterable=(), /)
基类：
list多肽只是一个 L{Residue} 对象列表。
- get_ca_list()
获取多肽中 C-alpha 原子的列表。
- 返回：:
C-alpha 原子列表
- 返回类型：:
[L{Atom}, L{Atom}, …]
- get_phi_psi_list()
返回 phi/psi 二面角列表。
- get_tau_list()
所有 4 个连续 Calpha 原子的 tau 扭转角列表。
- get_theta_list()
所有 3 个连续 Calpha 原子的 theta 角列表。
- get_sequence()
将 AA 序列作为 Seq 对象返回。
- 返回：:
多肽序列
- 返回类型：:
L{Seq}
- __repr__()
返回多肽的字符串表示形式。
返回 <Polypeptide start=START end=END>，其中 START 和 END 是外部残基的序列标识符。