Bio.PDB.Residue 模块

残基类，由 Structure 对象使用。

class Bio.PDB.Residue.Residue(id, resname, segid)

基类： Entity[Chain, Atom]

表示一个残基。Residue 对象存储原子。

__init__(id, resname, segid)

初始化该类。

__repr__()

返回残基完整 ID。

strictly_equals(other: _ResidueT, compare_coordinates: bool = False) → bool

使用严格的相等定义，将此残基与另一个残基进行比较。

如果残基具有相同的名称、标识符，并且它们的组成原子严格相等，则它们相等。

参数：

• other (Residue) – 将此残基与之比较的残基

• compare_coordinates (bool) – 是否比较原子的坐标

返回值：

残基是否严格相等

返回类型：

bool

add(atom)

添加一个 Atom 对象。

检查添加的原子是否重复，如果重复，则抛出 PDBConstructionException 异常。

flag_disordered()

设置无序标志。

is_disordered()

如果残基包含无序原子，则返回 1。

get_resname()

返回残基名称。

get_unpacked_list()

返回所有原子的列表，解压缩 DisorderedAtoms。

get_segid()

返回片段标识符。

get_atoms()

返回原子。

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Chain'), ForwardRef('Atom')],)

__parameters__ = ()

class Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue(id)

基类： DisorderedEntityWrapper

DisorderedResidue 是两个或多个 Residue 对象的包装器。

它用于表示点突变（例如，有一个 Ser 60 和一个 Cys 60 残基，每个残基的占据率为 50%）。

__init__(id)

初始化该类。

__repr__()

返回无序残基完整标识符。

add(atom)

将原子添加到残基。

sort()

对子 Residue 对象中的原子进行排序。

disordered_add(residue)

添加一个残基对象，并使用它的 resname 作为键。

参数

• residue - Residue 对象

disordered_remove(resname)

从 DisorderedResidue 中移除一个子残基。

参数

• resname - 要移除的子残基的名称，以字符串形式。