Bio.PDB.Entity 模块
Residue、Chain、Model 和 Structure 类别的基类。
它是一个简单的容器类，具有类似列表和字典的属性。
- class Bio.PDB.Entity.Entity(id)
基类:
Generic[_Parent,_Child]PDB 层次结构的基本容器对象。
Structure、Model、Chain 和 Residue 是 Entity 的子类。它处理存储和查找。
- level: str
- __init__(id)
初始化类。
- parent: _Parent | None
- child_list: list[_Child]
- child_dict: dict[Any, _Child]
- __len__()
返回子项数量。
- __getitem__(id)
返回具有给定 id 的子项。
- __delitem__(id)
删除一个子项。
- __contains__(id)
检查是否存在具有给定 id 的子项元素。
- __iter__()
迭代子项。
- __eq__(other)
测试相等性。这比较了完整的 id，包括所有父级 ID。
- __ne__(other)
测试不等性。
- __gt__(other)
测试大于。
- __ge__(other)
测试大于或等于。
- __lt__(other)
测试小于。
- __le__(other)
测试小于或等于。
- __hash__()
哈希方法以允许唯一性（集）。
- property id
返回标识符。
- strictly_equals(other: _Self, compare_coordinates: bool = False) bool
将此实体与其他实体进行比较以判断相等性。
递归地将此实体的子项与其他实体的子项进行比较。比较大多数属性，包括名称和 ID。
- 参数：
other (Entity) – 要将此实体与之比较的实体
compare_coordinates (bool) – 是否比较原子坐标
- 返回：
这两个实体是否严格相等
- 返回类型：
bool
- get_level()
返回层次结构中的级别。
A - 原子 R - 残基 C - 链 M - 模型 S - 结构
- set_parent(entity: _Parent)
设置父 Entity 对象。
- detach_parent()
分离父级。
- detach_child(id)
删除一个子项。
- add(entity: _Child)
向 Entity 添加一个子项。
- insert(pos: int, entity: _Child)
在指定位置向 Entity 添加一个子项。
- get_iterator()
返回子项的迭代器。
- get_list()
返回子项列表的副本。
- has_id(id)
检查是否存在具有给定 id 的子项。
- get_parent()
返回父 Entity 对象。
- get_id()
返回 id。
- get_full_id()
返回完整的 id。
完整的 id 是一个元组，包含从最顶层对象（Structure）到当前对象的全部 id。例如，Residue 对象的完整 id 类似于
(“1abc”, 0, “A”, (” “, 10, “A”))
这对应于
Structure id 为 “1abc” Model id 为 0 Chain id 为 “A” Residue id 为 (” “, 10, “A”)
Residue id 表示残基不是异源残基（或水），因为它的异源字段为空白，它的序列标识符为 10，它的插入代码为“A”。
- transform(rot, tran)
将旋转和平移应用于原子坐标。
- 参数：
rot (3x3 NumPy 数组) – 右乘旋转矩阵
tran (大小为 3 的 NumPy 数组) – 平移向量
示例
这是一个不完整但说明性的示例
from numpy import pi, array from Bio.PDB.vectors import Vector, rotmat rotation = rotmat(pi, Vector(1, 0, 0)) translation = array((0, 0, 1), 'f') entity.transform(rotation, translation)
- center_of_mass(geometric=False)
返回实体的质心作为 numpy 数组。
如果 geometric 为 True，则返回几何中心。
- copy()
递归地复制实体。
- __annotations__ = {'child_dict': dict[typing.Any, ~_Child], 'child_list': list[~_Child], 'level': <class 'str'>, 'parent': typing.Optional[~_Parent]}
- __orig_bases__ = (typing.Generic[~_Parent, ~_Child],)
- __parameters__ = (~_Parent, ~_Child)
- class Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper(id)
基类：
object包装类用于对等实体分组。
此类是一个简单的包装类，它将多个等效实体分组在一起，并将所有方法调用转发给其中之一（当前选定的对象）。DisorderedResidue 和 DisorderedAtom 是此类的子类。
例如：DisorderedAtom 对象包含多个 Atom 对象，每个 Atom 对象代表结构中无序原子的特定位置。
- __init__(id)
初始化类。
- __getattr__(method)
将方法调用转发给选定的子项。
- __getitem__(id)
返回具有给定 ID 的子项。
- __setitem__(id, child)
添加一个子项，与某个 ID 相关联。
- __contains__(id)
检查子项是否具有给定的 ID。
- __iter__()
返回子项数量。
- __len__()
返回子项数量。
- __sub__(other)
与另一个对象进行减法。
- __gt__(other)
返回子项是否大于其他项。
- __ge__(other)
返回子项是否大于或等于其他项。
- __lt__(other)
返回子项是否小于其他项。
- __le__(other)
返回子项是否小于或等于其他项。
- copy()
递归地复制无序实体。
- get_id()
返回 id。
- strictly_equals(other: DisorderedEntityWrapper, compare_coordinates: bool = False) bool
使用严格的等效定义将此实体与另一个实体进行比较。
递归地将此实体的子项与另一个实体的子项进行比较。比较大多数属性，包括选定的子项、名称和 ID。
- 参数：
other (DisorderedEntityWrapper) – 将此实体与之比较的实体
compare_coordinates (bool) – 是否比较原子坐标
- 返回：
这两个实体是否严格相等
- 返回类型：
bool
- disordered_has_id(id)
检查是否存在与该 ID 关联的对象。
- detach_parent()
分离父级。
- get_parent()
返回父项。
- set_parent(parent)
为对象及其子项设置父项。
- disordered_select(id)
选择具有给定 ID 的对象作为当前活动对象。
未捕获的方法调用将转发给选定的子对象。
- disordered_add(child)
添加无序条目。
这是由 DisorderedAtom 和 DisorderedResidue 实现的。
- disordered_remove(child)
删除无序条目。
这是由 DisorderedAtom 和 DisorderedResidue 实现的。
- is_disordered()
返回 2，表示此实体是实体的集合。
- disordered_get_id_list()
返回 ID 列表。
- disordered_get(id=None)
获取与 ID 关联的子对象。
如果 ID 为 None，则返回当前选定的子项。
- disordered_get_list()
返回子项列表。