Bio.PDB.Dice 模块

用于分割 (切块) 结构的代码。

此模块在内部由 Bio.PDB.extract() 函数使用。

class Bio.PDB.Dice.ChainSelector(chain_id, start, end, model_id=0)

基类: object

仅接受链 ID 正确且位于起始位置和结束位置之间的残基。

移除氢原子、水分子和配体。默认情况下仅使用模型 0。

__init__(chain_id, start, end, model_id=0)

初始化类。

accept_model(model)

验证模型是否与模型标识符匹配。

accept_chain(chain)

验证链是否与链标识符匹配。

accept_residue(residue)

验证残基序列是否位于起始位置和结束位置之间。

accept_atom(atom)

验证原子是否不是氢原子。

Bio.PDB.Dice.extract(structure, chain_id, start, end, filename)

将选定的部分写入文件名。