Bio.PDB.FragmentMapper 模块

使用 Kolodny 等人的片段库对蛋白质主链结构进行分类。

它可以被视为一种客观二级结构分类的形式。仅支持长度为 5 或 7 的片段（即存在一个“中心”残基）。

完整参考文献

Kolodny R, Koehl P, Guibas L, Levitt M. 小型蛋白质片段库可以准确地模拟天然蛋白质结构。J Mol Biol. 2002 323(2):297-307.

片段的定义文件可以从以下地址获取

使用此模块需要这些文件。

以下示例使用包含 10 个长度为 5 的片段的库。库文件可以在目录“fragment_data”中找到。

>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.FragmentMapper import FragmentMapper
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> model = structure[0]
>>> fm = FragmentMapper(model, lsize=10, flength=5, fdir="PDB")
>>> chain = model['A']
>>> res152 = chain[152]
>>> res157 = chain[157]
>>> res152 in fm # is res152 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
False
>>> res157 in fm # is res157 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
True

class Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment(length, fid)

基类：object

表示一个多肽 C-alpha 片段。

__init__(length, fid)

初始化片段对象。

参数：:

length (int) – 片段长度
fid (int) – 片段的 ID

get_resname_list()

获取残基列表。

返回值：:: 残基名称
返回类型：:: [string, string,…]

get_id()

获取片段的标识符。

返回值：:: 片段的 ID
返回类型：:: int

get_coords()

获取片段中的 CA 坐标。

返回值：:: 片段中的 CA 坐标
返回类型：:: NumPy (Nx3) 数组

add_residue(resname, ca_coord)

添加残基。

参数：:

resname (string) – 残基名称（例如 GLY）。
ca_coord (长度为 3 的 NumPy 数组) – 残基的 C-alpha 坐标

__len__(): 返回片段的长度。

__sub__(other)

返回两个片段之间的 RMSD。

返回值：:: 片段之间的 RMSD
返回类型：:: float

示例

这是一个不完整但具有说明性的示例

rmsd = fragment1 - fragment2

__repr__()

将片段对象表示为字符串。

返回 <Fragment length=L id=ID>，其中 L 是片段的长度，ID 是标识符（库中的排名）。

class Bio.PDB.FragmentMapper.FragmentMapper(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')

基类：object

将模型中的多肽映射到代表性片段列表。

__init__(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')

创建 FragmentMapper 实例。

参数：:

model (L{Model}) – 要映射的模型
lsize (int) – 库中的片段数
flength (int) – 库中片段的长度
fdir (string) – 找到定义文件的目录（默认值为“.”）

__contains__(res)

检查给定残基是否在任何映射的片段中。

__getitem__(res)

获取一个条目。

返回值：:: 片段分类
返回类型：:: L{Fragment}