Bio.PDB.HSExposure 模块

半球暴露和配位数计算。

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCA(model, radius=12, offset=0)

基础：_AbstractHSExposure

基于近似 CA-CB 向量计算 HSE 的类。

使用三个连续的 CA 位置。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化类。

参数：

• model (L{Model}) – 包含残基的模型

• radius (float) – 球体半径（以 CA 原子为中心）

• offset (int) – 在计算邻居数量时忽略的侧翼残基数量

pcb_vectors_pymol(filename='hs_exp.py')

写入用于可视化的 PyMol 脚本。

编写一个在 CA 坐标处可视化伪 CB-CA 方向的 PyMol 脚本。

参数：

filename (string) – PyMol 脚本文件的名称

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCB(model, radius=12, offset=0)

基础：_AbstractHSExposure

基于真实的 CA-CB 向量计算 HSE 的类。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化类。

参数：

• model (L{Model}) – 包含残基的模型

• radius (float) – 球体半径（以 CA 原子为中心）

• offset (int) – 在计算邻居数量时忽略的侧翼残基数量

class Bio.PDB.HSExposure.ExposureCN(model, radius=12.0, offset=0)

基础：AbstractPropertyMap

残基暴露作为其 CA 原子周围的 CA 原子数量。

__init__(model, radius=12.0, offset=0)

初始化类。

残基暴露定义为该残基 CA 原子周围的 CA 原子数量。返回一个字典，使用 L{Residue} 对象作为键，残基暴露作为对应的值。

参数：

• model (L{Model}) – 包含残基的模型

• radius (float) – 球体半径（以 CA 原子为中心）

• offset (int) – 在计算邻居数量时忽略的侧翼残基数量