Bio.PDB.AbstractPropertyMap 模块

将 (链ID, 残基ID) 映射到残基属性的类。

class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractPropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)

基础：object

定义基类，残基属性映射的持有者。

__init__(property_dict, property_keys, property_list)

初始化类。

__contains__(id)

检查映射是否具有此残基的属性。

参数:

• chain_id (char) – 链ID

• res_id (char) – 残基ID

示例

这是一个不完整但说明性的示例

if (chain_id, res_id) in apmap:
    res, prop = apmap[(chain_id, res_id)]

__getitem__(key)

返回残基的属性。

参数:

• chain_id (char) – 链ID

• res_id (int or (char, int, char)) – 残基ID

返回值:

一些残基属性

返回类型:

任何东西（可以是元组）

__len__()

返回可获得属性的残基数量。

返回值:

残基数量

返回类型:

int

keys()

返回残基列表。

返回值:

计算属性的残基列表

返回类型:

[(chain_id, res_id), (chain_id, res_id),…]

__iter__()

遍历 (实体, 属性) 列表。

字典式访问的便捷替代方法。

返回值:

迭代器

示例

>>> entity_property_list = [
...     ('entity_1', 'property_1'),
...     ('entity_2', 'property_2')
... ]
>>> map = AbstractPropertyMap({}, [], entity_property_list)
>>> for (res, property) in iter(map):
...     print(res, property)
entity_1 property_1
entity_2 property_2

class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractResiduePropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)

基础：AbstractPropertyMap

定义残基属性映射类。

__init__(property_dict, property_keys, property_list)

初始化类。

class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractAtomPropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)

基础：AbstractPropertyMap

定义原子属性映射类。

__init__(property_dict, property_keys, property_list)

初始化类。