Bio.PDB.mmtf.mmtfio 模块

写入 MMTF 文件。

class Bio.PDB.mmtf.mmtfio.MMTFIO

基类:StructureIO

将 Structure 对象写入 MMTF 文件。

示例

>>> from Bio.PDB import MMCIFParser
>>> from Bio.PDB.mmtf import MMTFIO
>>> parser = MMCIFParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.cif")
>>> io=MMTFIO()
>>> io.set_structure(structure)
>>> io.save("bio-pdb-mmtf-out.mmtf")
>>> import os
>>> os.remove("bio-pdb-mmtf-out.mmtf")  # tidy up
__init__()

初始化。

save(filepath, select=_select)

将结构保存到文件。

参数:
  • filepath (字符串) – 输出文件

  • select (对象) – 选择要写入的实体。

通常 select 是 L{Select} 的子类,它应该具有以下方法

  • accept_model(model)

  • accept_chain(chain)

  • accept_residue(residue)

  • accept_atom(atom)

这些方法应该在实体要写入时返回 1,否则返回 0。