Bio.PDB.mmtf.DefaultParser 模块
代码处理将 mmtf-python 加载到 Biopython 的结构中。
- class Bio.PDB.mmtf.DefaultParser.StructureDecoder
基类：
object将数据从 mmtf-python 传递到 Biopython 数据结构的类。
- __init__()
初始化类。
- init_structure(total_num_bonds, total_num_atoms, total_num_groups, total_num_chains, total_num_models, structure_id)
初始化结构对象。
- 参数:
total_num_bonds – 结构中键的数量
total_num_atoms – 结构中原子数
total_num_groups – 结构中基团数
total_num_chains – 结构中链的数量
total_num_models – 结构中模型的数量
structure_id – 结构的 ID（例如 PDB ID）
- set_atom_info(atom_name, serial_number, alternative_location_id, x, y, z, occupancy, temperature_factor, element, charge)
创建原子对象并设置信息。
- 参数:
atom_name – 原子的名称，例如该原子的 CA
serial_number – 原子的序列 ID（例如 1）
alternative_location_id – 原子的备用位置 ID（如果有）
x – 原子的 x 坐标
y – 原子的 y 坐标
z – 原子的 z 坐标
occupancy – 原子的占用率
temperature_factor – 原子的温度因子
element – 原子的元素，例如 C 代表碳。根据 IUPAC。钙是 Ca
charge – 原子的正式原子电荷
- set_chain_info(chain_id, chain_name, num_groups)
设置链信息。
- 参数:
chain_id – 来自 mmCIF 的非对称链 ID
chain_name – 来自 mmCIF 的 auth 链 ID
num_groups – 该链拥有的基团数
- set_entity_info(chain_indices, sequence, description, entity_type)
设置结构的实体级别信息。
- 参数:
chain_indices – 该实体的链的索引
sequence – 该实体的一字母代码序列
description – 该实体的描述
entity_type – 实体类型（聚合物、非聚合物、水）
- set_group_info(group_name, group_number, insertion_code, group_type, atom_count, bond_count, single_letter_code, sequence_index, secondary_structure_type)
设置基团的信息。
- 参数:
group_name – 该基团的名称，例如 LYS
group_number – 该基团的残基编号
insertion_code – 该基团的插入代码
group_type – 一个字符串，指示基团的类型（如 chemcomp 字典中所见。如果没有可用，则为空字符串。）
atom_count – 基团中原子的数量
bond_count – 基团中唯一键的数量
single_letter_code – 基团的一字母代码
sequence_index – 该基团在实体定义的序列中的索引
secondary_structure_type – 使用的二级结构类型（类型根据 DSSP，数字到类型的映射在规范中定义）
- set_model_info(model_id, chain_count)
设置模型的信息。
- 参数:
model_id – 模型的索引
chain_count – 模型中链的数量
- set_xtal_info(space_group, unit_cell)
设置结构的晶体学信息。
- 参数:
space_group – 空间群名称，例如“P 21 21 21”
unit_cell – 长度为 6 的数组，其中包含单位晶胞参数，按顺序排列：a、b、c、alpha、beta、gamma
- set_header_info(r_free, r_work, resolution, title, deposition_date, release_date, experimnetal_methods)
设置标题信息。
- 参数:
r_free – 结构测量的 R-Free
r_work – 结构的测量 R-Work
resolution – 结构的分辨率
title – 结构的标题
deposition_date – 结构的提交日期
release_date – 结构的发布时间
experimnetal_methods – 结构中的实验方法列表
- set_bio_assembly_trans(bio_assembly_index, input_chain_indices, input_transform)
设置 Bioassembly 变换信息。单个 bioassembly 可以有多个变换。
- 参数:
bio_assembly_index – bioassembly 的整数索引
input_chain_indices – 该 bioassembly 的链的整数索引列表
input_transform – 该 bioassmbly 变换的变换的双精度数列表。
- finalize_structure()
清理结构所需的任何函数。
- set_group_bond(atom_index_one, atom_index_two, bond_order)
在基团内添加键。
- 参数:
atom_index_one – 键中第一个伙伴的整数原子索引（在基团中）
atom_index_two – 键中第二个伙伴的整数原子索引（在基团中）
bond_order – 整数键序
- set_inter_group_bond(atom_index_one, atom_index_two, bond_order)
在组之间添加键。
- 参数:
atom_index_one – 键中第一个伙伴的原子索引（在结构中）
atom_index_two – 键中第二个伙伴的原子索引（在结构中）
bond_order – 键的顺序