Bio.PDB.mmtf 包

子模块

• Bio.PDB.mmtf.DefaultParser 模块
  • StructureDecoder
    • StructureDecoder.__init__()
    • StructureDecoder.init_structure()
    • StructureDecoder.set_atom_info()
    • StructureDecoder.set_chain_info()
    • StructureDecoder.set_entity_info()
    • StructureDecoder.set_group_info()
    • StructureDecoder.set_model_info()
    • StructureDecoder.set_xtal_info()
    • StructureDecoder.set_header_info()
    • StructureDecoder.set_bio_assembly_trans()
    • StructureDecoder.finalize_structure()
    • StructureDecoder.set_group_bond()
    • StructureDecoder.set_inter_group_bond()
• Bio.PDB.mmtf.mmtfio 模块
  • MMTFIO
    • MMTFIO.__init__()
    • MMTFIO.save()

模块内容

支持加载存储在 MMTF 文件中的 3D 结构。

Bio.PDB.mmtf.get_from_decoded(decoder)

从解码器返回结构。

class Bio.PDB.mmtf.MMTFParser

基类：object

从 URL 或文件名获取 Biopython 结构的类。

static get_structure_from_url(pdb_id)

从 URL 获取结构 - 给定 PDB ID。

参数：

pdb_id – 输入 PDB ID

返回：

结构

static get_structure(file_path)

从文件获取结构 - 给定文件路径。

参数：

file_path – 输入文件路径

返回：

结构