Bio.PDB.PDBIO 模块

PDB 文件的输出。

class Bio.PDB.PDBIO.Select

基类：object

选择用于 PDB 输出的所有内容（用作基类）。

写入期间的默认选择（所有内容） - 可以用作基类来实现选择性输出。这将选择哪些实体将被写入。

__repr__()

将输出表示为字符串以进行调试。

accept_model(model)

重载此方法以拒绝输出模型。

accept_chain(chain)

重载此方法以拒绝输出链。

accept_residue(residue)

重载此方法以拒绝输出残基。

accept_atom(atom)

重载此方法以拒绝输出原子。

class Bio.PDB.PDBIO.StructureIO

基类：object

用于派生结构文件格式编写器的基类。

__init__()

初始化。

set_structure(pdb_object)

检查用户提供的內容并构建结构。

class Bio.PDB.PDBIO.PDBIO(use_model_flag=0, is_pqr=False)

基类：StructureIO

将 Structure 对象（或 Structure 对象的子集）写入 PDB 或 PQR 文件。

示例

>>> from Bio.PDB import PDBParser
>>> from Bio.PDB.PDBIO import PDBIO
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> io=PDBIO()
>>> io.set_structure(structure)
>>> io.save("bio-pdb-pdbio-out.pdb")
>>> import os
>>> os.remove("bio-pdb-pdbio-out.pdb")  # tidy up

__init__(use_model_flag=0, is_pqr=False)

创建 PDBIO 对象。

参数：:

• use_model_flag (int) – 如果为 1，则强制在输出中使用 MODEL 记录。

• is_pqr (Boolean) – 如果为 True，则构建 PQR 文件。否则构建 PDB 文件。

save(file, select=_select, write_end=True, preserve_atom_numbering=False)

将结构保存到文件。

参数：:

• file (string 或 filehandle) – 输出文件

• select (object) – 选择将要写入的实体。

通常 select 是 L{Select} 的子类，它应该具有以下方法

• accept_model(model)

• accept_chain(chain)

• accept_residue(residue)

• accept_atom(atom)

如果要写出实体，这些方法应该返回 1，否则返回 0。

通常 select 是 L{Select} 的子类。