Bio.PDB.Structure 模块

结构类,表示一个大分子结构。

class Bio.PDB.Structure.Structure(id)

基类:Entity[None, Model]

Structure 类包含一个 Model 实例集合。

__init__(id)

初始化类。

__repr__()

返回结构标识符。

get_models()

返回模型。

get_chains()

从模型中返回链。

get_residues()

从链中返回残基。

get_atoms()

从残基中返回原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) None

从原子 X,Y,Z 坐标创建/更新内部坐标。

内部坐标是键长、键角和二面角。

参数::

bool (verbose) – 默认 False 描述运行时问题

internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False) None

从内部坐标创建/更新原子坐标。

参数::

bool (verbose) – 默认 False 描述运行时问题

引发::

Exception – 如果任何链没有 .internal_coord 属性

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[NoneType, ForwardRef('Model')],)
__parameters__ = ()