Bio.PDB.PDBParser 模块

PDB 文件解析器。

class Bio.PDB.PDBParser.PDBParser(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)

基类: object

解析 PDB 文件并返回 Structure 对象。

__init__(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)

创建一个 PDBParser 对象。

PDB 解析器在聚合的 StructureBuilder 对象中调用许多标准方法。通常此对象由 PDBParser 对象本身实例化，但如果用户提供自己的 StructureBuilder 对象，则使用后者。

参数

PERMISSIVE - 评估为布尔值。如果为 false，则构造 SMCRA 数据结构中的异常是致命的。如果为 true (默认)，则捕获异常，但一些残基或原子将丢失。这些异常是由于 PDB 文件中的问题造成的！。
get_header - 未使用的参数，保留用于历史兼容性。
structure_builder - 一个可选的用户实现的 StructureBuilder 类。
QUIET - 评估为布尔值。如果为 true，则在构建 SMCRA 数据时发出的警告将被抑制。如果为 false (默认)，则会显示它们。这些警告可能表明 PDB 文件中存在问题！
is_pqr - 评估为布尔值。指定要解析的文件类型。如果为 false (默认)，则假定为 .pdb 文件格式。如果要解析 .pqr 文件，请将其设置为 true。

get_structure(id, file)

返回结构。

参数