Bio.PopGen.GenePop 包

子模块

模块内容

用于处理 GenePop 的代码。

参见 http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/，格式在以下位置有说明： http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/help_input.html。

类：Record 保存 GenePop 数据。

函数：read 将 GenePop 记录（文件）解析为 Record 对象。

部分灵感来自 MedLine 代码。

Bio.PopGen.GenePop.get_indiv(line)

提取行上的个人信息详细信息。

Bio.PopGen.GenePop.read(handle)

解析包含 GenePop 文件的句柄。

handle 是一个包含 GenePop 记录的文件类对象。

class Bio.PopGen.GenePop.Record

基类：object

保存 GenePop 记录中的信息。

成员

  • marker_len 标记长度（每个等位基因 2 位或 3 位数字代码）。

  • comment_line 注释行。

  • loci_list 标记名称列表。

  • pop_list 种群名称列表。

  • populations 种群数据列表。

在大多数 genepop 文件中，种群名称不可靠。强烈建议通过索引引用种群。

populations 每个种群有一个元素。每个元素本身是一个个体列表，每个个体都是一个对，由个体名称和等位基因列表组成（每个标记 2 个，或单倍体 1 个）：示例

[
    [
        ('Ind1', [(1,2),    (3,3), (200,201)],
        ('Ind2', [(2,None), (3,3), (None,None)],
    ],
    [
        ('Other1', [(1,1),  (4,3), (200,200)],
    ]
]
__init__()

初始化类。

__str__()

返回（重建）GenePop 文本表示。

split_in_pops(pop_names)

将 GP 记录拆分为字典，每个条目一个种群。

给定一个具有 n 个种群和 m 个标记的记录，返回一个记录字典（键为 pop_name），其中每个条目都是一个具有单个种群和 m 个标记的记录。

参数： - pop_names - 种群名称

split_in_loci(gp)

将 GP 记录拆分为字典，每个条目一个标记。

给定一个具有 n 个种群和 m 个标记的记录，返回一个记录字典（键为标记名称），其中每个条目都是一个具有单个标记和 n 个种群的记录。

remove_population(pos)

删除一个种群（按位置）。

remove_locus_by_position(pos)

按位置删除一个标记。

remove_locus_by_name(name)

按名称删除一个标记。