Bio.PopGen.GenePop.EasyController 模块
通过更简单的接口控制 GenePop。
此接口不如标准 GenePopControler 效率高。
- class Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController(fname, genepop_dir=None)
基类：
object定义一个类，用于与 GenePop 程序进行更简单的交互。
- __init__(fname, genepop_dir=None)
初始化控制器。
genepop_dir 是 GenePop 所在的目录。
二进制文件应命名为 Genepop（大写 G）
- get_basic_info()
从文件中获取种群列表和基因座列表。
- test_hw_pop(pop_pos, test_type='probability')
对给定位置执行 Hardy-Weinberg 检验。
- test_hw_global(test_type='deficiency', enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)
执行 Hardy-Weinberg 全局杂合子检验。
- test_ld_all_pair(locus1, locus2, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)
测试每个种群中每对基因座的连锁不平衡。
- estimate_nm()
估计 Nm。只是一个简单的桥梁。
- get_heterozygosity_info(pop_pos, locus_name)
返回种群中某个基因座的杂合度信息。
返回 (预期纯合子、观察到的纯合子、预期杂合子、观察到的杂合子)
- get_genotype_count(pop_pos, locus_name)
返回某个种群和基因座的基因型计数。
- get_fis(pop_pos, locus_name)
返回某个种群和基因座的 Fis。
下面 CW 表示 Cockerham 和 Weir，RH 表示 Robertson 和 Hill。
返回一对
字典 [等位基因] = (重复计数、频率、Fis CW) 包含每个等位基因的信息
三元组包含等位基因总数、Fis CW、Fis RH
- get_alleles(pop_pos, locus_name)
返回某个种群和基因座的等位基因。
- get_alleles_all_pops(locus_name)
返回某个种群和基因座的等位基因。
- get_allele_frequency(pop_pos, locus_name)
计算种群中某个基因座的等位基因频率。
- get_multilocus_f_stats()
返回多基因座 F 统计量。
解释平均。返回 Fis(CW)、Fst、Fit
- get_f_stats(locus_name)
返回基因座的 F 统计量。
返回 Fis(CW)、Fst、Fit、Qintra、Qinter
- get_avg_fis()
计算基于同一性的平均 Fis。
- get_avg_fst_pair()
计算所有种群对的基于等位基因大小的平均 Fis。
- get_avg_fst_pair_locus(locus)
计算给定基因座的所有种群对的基于等位基因大小的平均 Fis。
- calc_ibd(is_diplo=True, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)
计算二倍体或单倍体的隔离距离统计量。