Bio.PopGen.GenePop.Controller 模块

用于控制 GenePop 的模块。

class Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController(genepop_dir=None)

基类: object

定义一个类来与 GenePop 程序交互。

__init__(genepop_dir=None)

初始化控制器。

genepop_dir 是 GenePop 所在的目录。

二进制文件应该名为 Genepop（大写 G）

test_pop_hz_deficiency(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用 Hardy-Weinberg 检验来检验杂合子缺陷。

返回一个包含字典的种群迭代器，其中字典[基因座]=(P 值、SE、Fis-WC、Fis-RH、步骤)。

如果信息不可用，某些基因座将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

test_pop_hz_excess(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用 Hardy-Weinberg 检验来检验杂合子缺陷。

返回一个包含字典的种群迭代器，其中字典[基因座]=(P 值、SE、Fis-WC、Fis-RH、步骤)。

如果信息不可用，某些基因座将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

test_pop_hz_prob(fname, ext, enum_test=False, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用基于概率的 Hardy-Weinberg 检验。

返回 2 个迭代器和一个最终元组

  1. 返回一个包含基因座的迭代器

    • 字典[种群位置]=(P 值、SE、Fis-WC、Fis-RH、步骤)。如果信息不可用，某些种群将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

    • 费舍尔检验的结果（Chi2、自由度、概率）。

  2. 返回一个包含种群的迭代器

    • 字典[基因座]=(P 值、SE、Fis-WC、Fis-RH、步骤)。如果信息不可用，某些基因座将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

    • 费舍尔检验的结果（Chi2、自由度、概率）。

  3. 最终元组（Chi2、自由度、概率）。

test_global_hz_deficiency(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用全局 Hardy-Weinberg 检验来检验杂合子缺陷。

返回一个三元组，其中包含

  • 每个种群的列表，包含 (种群名称、P 值、SE、切换)。如果信息不可用，某些种群将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

  • 每个基因座的列表，包含 (基因座名称、P 值、SE、切换)。如果信息不可用，某些基因座将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

  • 总体结果（P 值、SE、切换）。

test_global_hz_excess(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用全局 Hardy-Weinberg 检验来检验杂合子过剩。

返回一个三元组，其中包含

  • 每个种群的列表，包含 (种群名称、P 值、SE、切换)。如果信息不可用，某些种群将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

  • 每个基因座的列表，包含 (基因座名称、P 值、SE、切换)。如果信息不可用，某些基因座将为 None。SE 可能为 None（用于枚举）。

  • 总体结果（P 值、SE、切换）

test_ld(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

检验每个种群中每对基因座的连锁不平衡。

create_contingency_tables(fname)

创建基因型列联表的规定。

test_genic_diff_all(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

所有种群的基因分化规定。

test_genic_diff_pair(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

所有种群对的基因分化规定。

test_genotypic_diff_all(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

所有种群的基因型分化规定。

test_genotypic_diff_pair(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

用于所有种群对的基因型分化检验。

estimate_nm(fname)

估计迁移者数量。

参数

  • fname - 文件名

返回

  • 平均样本量

  • 私有等位基因的平均频率

  • Ne=10时的迁移者数量

  • Ne=25时的迁移者数量

  • Ne=50时的迁移者数量

  • 校正预期大小后的迁移者数量

calc_allele_genotype_freqs(fname)

计算每个位点和每个样本的等位基因和基因型频率。

参数

  • fname - 文件名

返回包含两个元素的元组

  • 种群迭代器，包含

    • 种群名称

    • 位点字典，键为位点名称，内容为基因型列表，包含（等位基因1，等位基因2，观察值，预期值）(预期纯合子，观察到的纯合子，预期杂合子，观察到的杂合子) 等位基因频率/Fis字典，等位基因为键，内容为（计数，频率，Weir & Cockerham Fis）

    • 总计作为一对

    • 计数

    • Weir & Cockerham Fis

    • Robertson & Hill Fis

  • 位点迭代器，包含

    • 位点名称

    • 等位基因列表

    • 种群列表，包含三元组

      • 种群名称

      • 与上面等位基因列表顺序相同的等位基因频率列表

      • 基因数量

将创建一个名为fname.INF的文件。

calc_diversities_fis_with_identity(fname)

计算基于同一性的基因多样性和Fis。

calc_diversities_fis_with_size(fname)

用于计算基于等位基因大小的基因多样性和Fis。

calc_fst_all(fname)

执行GenePop并获取Fst/Fis/Fit（所有种群）。

参数

  • fname - 文件名

返回

  • (多位点Fis，多位点Fst，多位点Fit)，

  • 元组迭代器（位点名称，Fis，Fst，Fit，Qintra，Qinter）

将创建一个名为fname.FST的文件。

此函数不返回基因型频率。

calc_fst_pair(fname)

根据所有种群对的等位基因同一性估计空间结构。

calc_rho_all(fname)

用于根据所有种群的等位基因大小估计空间结构。

calc_rho_pair(fname)

用于根据所有种群对的等位基因大小估计空间结构。

calc_ibd_diplo(fname, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)

计算二倍体数据的隔离距离统计量。

有关参数详细信息，请参见_calc_ibd。

请注意，每个种群只能有一个个体，并且个体名称必须是样本坐标。

calc_ibd_haplo(fname, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)

计算单倍体数据的隔离距离统计量。

有关参数详细信息，请参见_calc_ibd。

请注意，每个种群只能有一个个体，并且个体名称必须是样本坐标。