Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模块

对 Genepop 文件进行大型文件解析。

标准解析器将整个文件加载到内存中。此解析器提供一个迭代器，用于遍历数据。

类：- LargeRecord - 保存 GenePop 数据。

函数：- read - 将 GenePop 记录（文件）解析为 Record 对象。

Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.read(handle)

解析包含 GenePop 文件的句柄。

参数：- handle 是一个包含 GenePop 记录的文件类对象。

class Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.Record(handle)

基类：object

保存来自 GenePop 记录的信息。

成员：marker_len 标记长度（每个等位基因的 2 或 3 位数字码）。

comment_line 注释行。

loci_list 基因座名称列表。

data_generator 迭代群体数据。

生成器只能工作一次。如果您想两次读取句柄，则必须重新打开它！

data_generator 可以是 () - 一个空元组 - 标记一个新的群体，或者是一个个体。一个个体类似于 ('Ind1', [(1,1), (3,None), (200,201)], 在上面的例子中，个体名为 Ind1，具有三个二倍体基因座。对于第二个基因座，一个等位基因未知。