Bio.PDB.NACCESS 模块

NACCESS 程序的接口。

参见：http://wolf.bms.umist.ac.uk/naccess/ 原子溶剂可及面积计算

二进制文件可能出现的错误：默认值通常是由于 accall.pars 中的默认设置过低造成的 - 例如最大立方体错误：更改 accall.pars 并重新编译二进制文件

使用 naccess -y、naccess -h 或 naccess -w 来包含 HETATM 记录

Bio.PDB.NACCESS.run_naccess(model, pdb_file, probe_size=None, z_slice=None, naccess='naccess', temp_path='/tmp/')

为 pdb 文件运行 naccess。

Bio.PDB.NACCESS.process_rsa_data(rsa_data)

处理 .rsa 输出文件：残基级 SASA 数据。

Bio.PDB.NACCESS.process_asa_data(rsa_data)

处理 .asa 输出文件：原子级 SASA 数据。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基类：AbstractResiduePropertyMap

定义用于残基属性映射的 NACCESS 类。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化类。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS_atomic(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基类：AbstractAtomPropertyMap

定义用于原子属性映射的 NACCESS 原子类。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化类。