Bio.PDB.Model 模块

模型类，用于 Structure 对象。

class Bio.PDB.Model.Model(id, serial_num=None)

基础类： Entity[Structure, Chain]

表示结构中模型的对象。

在从 X 射线晶体学实验获得的结构中，通常只存在一个模型（有些例外）。NMR 结构通常包含许多不同的模型。

__init__(id, serial_num=None)

初始化。

参数

• id - int

• serial_num - int

__repr__()

返回模型标识符。

get_chains()

返回链。

get_residues()

返回残基。

get_atoms()

返回原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) → None

从 Atom X,Y,Z 坐标创建/更新内部坐标。

内部坐标是键长、键角和二面角。

参数:

bool (verbose) – 默认 False，描述运行时问题

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Structure'), ForwardRef('Chain')],)

__parameters__ = ()

internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False) → None

从内部坐标创建/更新原子坐标。

参数:

bool (verbose) – 默认 False，描述运行时问题

引发:

Exception – 如果任何链没有 .pic 属性