Bio.PDB.MMCIFParser 模块

mmCIF 解析器。

class Bio.PDB.MMCIFParser.MMCIFParser(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

基类: object

解析 mmCIF 文件并返回 Structure 对象。

__init__(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

创建一个 PDBParser 对象。

mmCIF 解析器在聚合的 StructureBuilder 对象中调用许多标准方法。通常这个对象由 MMCIParser 对象本身实例化，但如果用户提供了自己的 StructureBuilder 对象，则使用后者。

参数

structure_builder - 可选的用户实现的 StructureBuilder 类。
auth_chains - 默认情况下为 True。如果为真，则使用作者链 ID。如果为假，则使用重新分配的 mmCIF 链 ID。
auth_residues - 默认情况下为 True。如果为真，则使用作者残基编号。如果为假，则使用 mmCIF “label” 残基编号，该编号没有插入码，并且严格递增残基编号。注意：水等非聚合物没有“label”残基编号，将被跳过。
QUIET - 评估为一个布尔值。如果为真，则构建 SMCRA 数据时发出的警告将被抑制。如果为假（默认值），则将显示它们。这些警告可能表明 mmCIF 文件中存在问题！

get_structure(structure_id, filename)

返回结构。

参数

class Bio.PDB.MMCIFParser.FastMMCIFParser(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

基类: object

解析 MMCIF 文件并返回 Structure 对象。

__init__(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

创建一个 FastMMCIFParser 对象。

mmCIF 解析器在聚合的 StructureBuilder 对象中调用许多标准方法。通常这个对象由解析器对象本身实例化，但如果用户提供了自己的 StructureBuilder 对象，则使用后者。

此类与普通 MMCIFParser 之间的主要区别在于，此处只解析 ‘ATOM’ 和 ‘HETATM’ 行。如果您只对坐标信息感兴趣，请使用它。

参数

structure_builder - 可选的用户实现的 StructureBuilder 类。
auth_chains - 默认情况下为 True。如果为真，则使用作者链 ID。如果为假，则使用重新分配的 mmCIF 链 ID。
auth_residues - 默认情况下为 True。如果为真，则使用作者残基编号。如果为假，则使用 mmCIF “label” 残基编号，该编号没有插入码，并且严格递增残基编号。注意：水等非聚合物没有“label”残基编号，将被跳过。
QUIET - 评估为一个布尔值。如果为真，则构建 SMCRA 数据时发出的警告将被抑制。如果为假（默认值），则将显示它们。这些警告可能表明 mmCIF 文件中存在问题！

get_structure(structure_id, filename)

返回结构。

参数