Bio.PDB.NeighborSearch 模块

使用 KD 树（用 C 实现）进行快速原子邻居查找。

class Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch(atom_list, bucket_size=10)

基类： object

邻居搜索类。

此类可用于两个相关目的

1. 查找给定查询位置半径内的所有原子/残基/链/模型/结构。

2. 查找彼此之间距离固定半径内的所有原子/残基/链/模型/结构。

NeighborSearch 利用了用 C 实现的 KDTree 类，以提高速度。

__init__(atom_list, bucket_size=10)

创建对象。

参数

• atom_list - 原子列表。此列表用于查询。它可以包含来自不同结构的原子。

• bucket_size - KD 树的桶大小。如果你想优化速度，可以尝试调整这个参数。

search(center, radius, level='A')

邻居搜索。

返回所有至少有一个原子在 center 半径内的原子/残基/链/模型/结构。返回的实体级别（例如原子或残基）由 level 决定 (A=原子, R=残基, C=链, M=模型, S=结构)。

参数

• center - NumPy 数组

• radius - 浮点数

• level - 字符 (A, R, C, M, S)

search_all(radius, level='A')

所有邻居搜索。

搜索所有原子对在 radius 范围内的实体。

参数

• radius - 浮点数

• level - 字符 (A, R, C, M, S)