Bio.motifs.transfac 模块

解析 TRANSFAC 文件。

class Bio.motifs.transfac.Motif(alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, instances=None)

基类：Motif，dict

存储一个 TRANSFAC 基序的信息。

此类继承自 Bio.motifs.Motif 基类，以及 Python 字典。解析器找到的所有基序信息都尽可能存储为基类的属性；有关这些属性的描述，请参阅 Bio.motifs.Motif 基类。与基序关联的所有其他信息都存储在字典中，以 (键，值) 对的形式存储，其中键是 TRANSFAC 文件中找到的两位字母字段。引用是一个例外：它们存储在 .references 属性中。

这些字段通常在 TRANSFAC 文件中找到

AC:    Accession number
AS:    Accession numbers, secondary
BA:    Statistical basis
BF:    Binding factors
BS:    Factor binding sites underlying the matrix
       [sequence; SITE accession number; start position for matrix
       sequence; length of sequence used; number of gaps inserted;
       strand orientation.]
CC:    Comments
CO:    Copyright notice
DE:    Short factor description
DR:    External databases
       [database name: database accession number]
DT:    Date created/updated
HC:    Subfamilies
HP:    Superfamilies
ID:    Identifier
NA:    Name of the binding factor
OC:    Taxonomic classification
OS:    Species/Taxon
OV:    Older version
PV:    Preferred version
TY:    Type
XX:    Empty line; these are not stored in the Record.

引用存储在 .references 属性中，它是一个包含以下键的字典列表

RN:    Reference number
RA:    Reference authors
RL:    Reference data
RT:    Reference title
RX:    PubMed ID

有关更多信息，请参阅 TRANSFAC 文档。

multiple_value_keys = {'BF', 'BS', 'CC', 'DR', 'DT', 'HC', 'HP', 'OV'}

reference_keys = {'RA', 'RL', 'RT', 'RX'}

__getitem__(key)

为 key 中包含的位置返回一个新的 Motif 对象。

>>> from Bio import motifs
>>> motif = motifs.create(["AACGCCA", "ACCGCCC", "AACTCCG"])
>>> print(motif)
AACGCCA
ACCGCCC
AACTCCG
>>> print(motif[:-1])
AACGCC
ACCGCC
AACTCC

class Bio.motifs.transfac.Record

基类：list

存储 TRANSFAC 矩阵表中的信息。

记录继承自包含各个基序的列表。

属性

• version - 版本号，对应 TRANSFAC 文件中的 'VV' 字段；

__init__()

初始化类。

__str__()

将 TRANSFAC 矩阵转换为字符串。

Bio.motifs.transfac.read(handle, strict=True)

将 transfac 格式句柄解析为 Record 对象。

Bio.motifs.transfac.write(motifs)

以 TRANSFAC 格式写入基序的表示。