Bio.motifs.xms 模块

解析 XMS motif 文件。

class Bio.motifs.xms.XMSScanner(doc)

基类：object

用于扫描 XMS XML 文件的类。

__init__(doc)

从 xms 文档生成 motif 记录，xms 文档是一个类似 XML 的 motif pfm 文件。

handle_motif(node)

从节点读取 motif 的名称和列，并添加 motif 记录。

get_property_value(node, key_name)

从节点提取名为 key_name 的 motif 属性的值。

get_acgt(node)

获取并返回 motif 的 A、C、G、T 权重。

get_text(nodelist)

返回列在 nodelist 上的 motif 属性的字符串表示形式。

class Bio.motifs.xms.Record(iterable=(), /)

基类：list

用于存储 XMS 矩阵表中信息的类。

该记录继承自包含单个 motif 的列表。

__str__()

返回 Record 对象中 motif 的字符串表示形式。

Bio.motifs.xms.read(handle)

从文件句柄读取 XMS 矩阵格式的 motif。

XMS 是一种用于描述调控 motif 和 PSSM 的 XML 格式。该格式由 Thomas Down 定义，并在 NestedMICA 和 MotifExplorer 程序中使用。