Bio.motifs.thresholds 模块

用于近似计算基序查找的适当阈值。

class Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution(motif=None, precision=10**3, pssm=None, background=None)

基类：object

表示给定基序的近似分数分布的类。

利用动态规划方法以预定义的精度计算分数分布。提供多种方法用于计算基序出现的阈值。

__init__(motif=None, precision=10**3, pssm=None, background=None)

初始化类。

modify(scores, mo_probs, bg_probs)

修改基序和背景密度。

threshold_fpr(fpr)

近似计算使 I 型错误（假阳性率）为给定值的 log-odds 阈值。

threshold_fnr(fnr)

近似计算使 II 型错误（假阴性率）为给定值的 log-odds 阈值。

threshold_balanced(rate_proportion=1.0, return_rate=False)

近似计算使 FNR 等于 FPR 乘以 rate_proportion 的 log-odds 阈值。

threshold_patser()

模仿 patser（Hertz, Stormo 1999）软件的行为来选择阈值。

它选择这样的阈值，使得 log(fpr)=-ic(M) 注意：实际的 patser 软件使用自然对数而不是 log_2，因此数字不可直接比较。