Bio.motifs.minimal 模块

用于支持 MEME 最小基序格式的模块。

Bio.motifs.minimal.read(handle)

将 MEME 程序的文本输出解析为 meme.Record 对象。

示例

>>> from Bio.motifs import minimal
>>> with open("motifs/meme.out") as f:
...     record = minimal.read(f)
...
>>> for motif in record:
...     print(motif.name, motif.evalue)
...
1 1.1e-22

您可以通过索引访问记录中的各个基序，或者通过名称查找基序

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/minimal_test.meme") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'minimal')
...
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
KRP
>>> motif = record['IFXA']
>>> print(motif.name)
IFXA

此函数不会检索实例，因为最小基序格式中没有实例。

class Bio.motifs.minimal.Record

Bases: list

用于保存最小 MEME 运行结果的类。

__init__()

初始化记录类值。

__getitem__(key)

返回索引为 key 的基序。