Bio.motifs.meme 模块

用于支持 MEME 基因片段格式的模块。

Bio.motifs.meme.read(handle)

将 MEME 程序的文本输出解析为 meme.Record 对象。

示例

>>> from Bio.motifs import meme
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = meme.read(f)
>>> for motif in record:
...     for sequence in motif.alignment.sequences:
...         print(sequence.motif_name, sequence.sequence_name, sequence.sequence_id, sequence.strand, sequence.pvalue)
GSKGCATGTGAAA INO1 sequence_5 + 1.21e-08
GSKGCATGTGAAA FAS1 sequence_2 - 1.87e-08
GSKGCATGTGAAA ACC1 sequence_4 - 6.62e-08
GSKGCATGTGAAA CHO2 sequence_1 - 1.05e-07
GSKGCATGTGAAA CHO1 sequence_0 - 1.69e-07
GSKGCATGTGAAA FAS2 sequence_3 - 5.62e-07
GSKGCATGTGAAA OPI3 sequence_6 + 1.08e-06
TTGACWCYTGCYCWG CHO2 sequence_1 + 7.2e-10
TTGACWCYTGCYCWG OPI3 sequence_6 - 2.56e-08
TTGACWCYTGCYCWG ACC1 sequence_4 - 1.59e-07
TTGACWCYTGCYCWG CHO1 sequence_0 + 2.05e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS1 sequence_2 + 3.85e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS2 sequence_3 - 5.11e-07
TTGACWCYTGCYCWG INO1 sequence_5 + 8.01e-07

class Bio.motifs.meme.Motif(alphabet=None, alignment=None)

基类：Motif

用于解析 MEME（和 MAST）输出的 Motif 子类。

此子类定义了特定于 MEME 基因片段的函数和数据。这包括基因片段名称、基因片段的 e 值及其出现次数。

__init__(alphabet=None, alignment=None)

初始化该类。

class Bio.motifs.meme.Instance(*args, **kwds)

基类：Seq

描述 MEME 基因片段的实例及其数据的类。

__init__(*args, **kwds)

初始化该类。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.motifs.meme.Record

基类：list

用于保存 MEME 运行结果的类。

meme.Record 是一个对象，用于保存运行 MEME 的结果。它本身没有实现任何方法。

meme.Record 类继承自 list，因此您可以通过索引访问记录中的各个基因片段。或者，您可以通过名称查找基因片段

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'MEME')
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA
>>> motif = record['GSKGCATGTGAAA']
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA

__init__()

初始化该类。

__getitem__(key)

返回索引为 key 的基因片段。