Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 模块

Bio.SearchIO 用于 HMMER 表格输出格式的解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabParser(handle)

基类: object

用于 HMMER 表格格式的解析器。

__init__(handle)

初始化该类。

__iter__()

遍历 Hmmer3TabParser，生成查询结果。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabIndexer(filename, **kwargs)

基类: SearchIndexer

用于 HMMER 表格输出的索引器类。

__iter__()

遍历文件句柄；生成键、开始偏移量和长度。

get_raw(offset)

从给定的偏移量返回 QueryResult 对象的原始字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabWriter(handle)

基类: object

用于 hmmer3-tab 输出格式的写入器。

__init__(handle)

初始化该类。

write_file(qresults)

写入句柄。

返回写入的 QueryResult、Hit 和 HSP 对象的数量的元组。