Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 模块
用于 HMMER 域表格输出格式的 Bio.SearchIO 解析器。
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser(handle)
基类：
Hmmer3DomtabParser使用命中坐标的 HMMER 域表格解析器。
用于 HMMER 域表格格式的解析器，假定 HMM 轮廓坐标是命中坐标。
- hmm_as_hit = True
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser(handle)
基类：
Hmmer3DomtabParser使用查询坐标的 HMMER 域表格解析器。
用于 HMMER 域表格格式的解析器，假定 HMM 轮廓坐标是查询坐标。
- hmm_as_hit = False
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitIndexer(filename, **kwargs)
-
使用命中坐标的 HMMER 域表格索引器。
用于 HMMER 域表格输出的索引器类，假定 HMM 轮廓坐标是命中坐标。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer(filename, **kwargs)
-
使用查询坐标的 HMMER 域表格索引器。
用于 HMMER 域表格输出的索引器类，假定 HMM 轮廓坐标是查询坐标。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter(handle)
基类：
object使用命中坐标的 HMMER 域表格写入器。
用于 hmmer3-domtab 输出格式的写入器，它将命中坐标写入为 HMM 轮廓坐标。
- hmm_as_hit = True
- __init__(handle)
初始化类。
- write_file(qresults)
写入句柄。
返回写入的 QueryResult、Hit 和 HSP 对象的数量的元组。